使用LSD估算tMRCA和平均进化速率

前面分别使用TreeTime，treedater，TempEst估计了示例数据（埃博拉的数据）的tMRCA和平均进化速率，本次使用**LSD**（least-squares dating）**估算和前面相同的埃博拉示例数据。**

1. 数据准备

（1）LSD软件下载地址：http://www.atgc-montpellier.fr/LSD/
（2）树文件，采样日期文件（文本txt格式，序列名称和日期以制表符隔开）

2. 使用方法

打开LSD软件后，按照提示先后输入树文件，采样日期文件（文本txt格式，序列名称和日期以制表符隔开）。
需要注意的是，采样日期文件要在第一行加入序列的总数目：<br />![图片.png](https://cdn.nlark.com/yuque/0/2020/png/119869/1606108240315-ef297907-f1af-41c4-b4fd-3548e344d5b9.png#align=left&display=inline&height=351&margin=%5Bobject%20Object%5D&name=%E5%9B%BE%E7%89%87.png&originHeight=644&originWidth=854&size=43630&status=done&style=none&width=465)

3.计算结果

对于示例数据，LSD估算的平均进化速率为6.111×10-4 sub/site/year，tMRCA为2013.679（这里是十进制，需要进一步转化为月份），objective function 2.504801e-003。结果和TreeTime，treedater很贴近。

从TreeTime，treedater，TempEst，LSD这4个软件对同一数据（有较好的时间结构的数据）的估算结果来看，TreeTime、treedater、LSD这3个软件差不多，TempEst“独树一帜”，实际使用中，个人觉得TempEst可以不考虑使用了。