1.  应用**

PhyloMad可以对进化模型准确性进行评估，该软件包分析数据通过R程序来完成，程序运行时会同时弹出一个网页界面，参数设置主要在网页界面中设置完成，而实时运行的状态则在终端或命令行中显示。正是如此，该软件包存在很多bug，尤其在Windows上使用时，会出现很多奇怪的报错。
为了防止这些bug导致的程序运行报错，本文总结了PhyloMad在Windows**上的使用注意点。
参考文献：PhyloMAd（评估模型准确度）参考文献.pdf

1.程序下载

下载地址：https://github.com/duchene/phylomad

2.修改文件

  1. 将下载的文件解压后，得到“phylomad-master”文件包，如果是在**Windows上**使用**PhyloMad**，我们需要对其中一个文件进行修改（苹果系统请忽略改点）。<br /> To replace the function “system” with “shell” in the PhyloMAd code (in phylomad-master/codeFolder/testBackbones/Substitutions/test.likelihood.multigene.R).<br />也就是将**“test.likelihood.multigene.R”**这个文件里的**“system”**字符全部换成“**shell**”。

3.安装依赖包

  1. 在这之前，假设你电脑上已经安装了R语言程序和Rstudio编译器。<br />    （1）对“phylomad-master”文件夹里的“phylomad.Rscript”选择打开方式选择为你电脑上安装的“Rscript.exe”程序，该程序如果你之前在安装R语言选择默认路径的话，是在C:\Program Files\R\R-3.5.2\bin\Rscript.exe该路径（R-3.5.2为R语言版本3.5.2，具体取决于你电脑安装的R版本）。<br />    （2）双击运行phylomad.Rscript，会自动下载PhyloMad分析需要的依赖包。（包括shiny、methods、phangorn、ape、foreach、doParallel、iterators、parallel、phytools、maps和apTreeshape等）

4.运行程序

（1）切换工作目录

  1.     进入Rstudio，先通过setwd函数切换工作目录为“phylomad-master”文件夹里的“codeFolder”文件夹。<br />        _setwd("文件夹codeFolder所在路径")_

（2）启动PhyloMad

  1. 在Rstudio依次输入下面命令：

library(shiny) library(shinyBS) runApp(launch.browser=TRUE)

（3）自动弹出网页界面PhyloMad在Windows上使用注意点 - 图2

  1.  在这个网页界面里完成载入序列和相关参数设置，该部分的具体操作方法请参考下面附件（该附件教程来自闽农高芳銮老师教程的部分内容）：<br />[新建 Microsoft Word 文档.pdf](https://www.yuque.com/attachments/yuque/0/2019/pdf/119869/1565446924428-c5b2fe04-6439-40d9-9521-d2babc84ddbe.pdf?_lake_card=%7B%22uid%22%3A%22rc-upload-1565446912110-4%22%2C%22src%22%3A%22https%3A%2F%2Fwww.yuque.com%2Fattachments%2Fyuque%2F0%2F2019%2Fpdf%2F119869%2F1565446924428-c5b2fe04-6439-40d9-9521-d2babc84ddbe.pdf%22%2C%22name%22%3A%22%E6%96%B0%E5%BB%BA+Microsoft+Word+%E6%96%87%E6%A1%A3.pdf%22%2C%22size%22%3A517674%2C%22type%22%3A%22application%2Fpdf%22%2C%22ext%22%3A%22pdf%22%2C%22progress%22%3A%7B%22percent%22%3A0%7D%2C%22status%22%3A%22done%22%2C%22percent%22%3A0%2C%22id%22%3A%22kAhhf%22%2C%22card%22%3A%22file%22%7D)

5.特别注意

  1.  程序说明书里可能会提到，在Windows上可通过双击“phylomad-master”文件夹里的“runWin.vbs”来启动phylomad。注意，在Windows上不推荐这种启动方式，因为“runWin.vbs”这个文件触发的是通过“phylomad-master”文件夹里自带的R程序（R-3.4.1）来运行phylomad，可能后期会遇到各种烦心的报错。<br />    建议采用本文总结的在**Windows上**的启动方式来启动phylomad。
  3.                                                                                                      2019年2月27日初稿<br />**转载请注明出处。如有错误，欢迎及时与我反馈，一起交流学习。**