多重序列比对(Multiple-Sequence-Alignment , MSA)应该是序列分析中最为基础的操作了,笔者之前发了很大笔墨介绍了MAFFT这款软件的使用【MAFFT 7.0使用说明(修订版)】,MAFFT的网页版是图形界面,不过运算能力有限。
本地版则取决于自己的电脑配置,或者可以使用服务器进行运算。不管是本地版,还是服务器版,MAFFT都是字符界面。这对于大部分主要从事湿实验的非生信人员很不Nice。
好在BioAider也把MAFFT打包成了图形化界面(Windows和Linunx版本的都有),以后使用MAFFT进行序列比对,只需要拖拖文件,点点鼠标即可。
此外,一起打包的还有另外两款经典的序列序列软件,Muscle和Clustal Omega,同样,Windows和Linunx版本的都有。
尤其是,都额外提供了基于多套不同密码子进行翻译比对功能。
还是直接上图。
1. MAFFT
Windows版本
Linux (Ubuntu16.04)版本
BioAider主要是把一些常用参数命名做成了图形化界面,方便不熟悉MAFFT的人能快手上手进行序列比对分析。同时也预留了手动添加其他参数功能(“Others parameter”),方便熟悉MAFFT的参数党们(老手)折腾。**
总结就是,老少皆宜!
打包的另外两款序列比对软件也是同样的模式。
2. Muscle
只展示Windows版本:
3. Clusta Omega
只展示Windows版本:
总结就是,真香真Nice!
附BioAider软件下载地址:https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider/releases