1. 近期，使用R语言的TipDatingBeast包对Beauti 2.5.2配置的xml文件进行日期的随机化，之后使用beast 2.5.2跑日期随机化后的xml文件后出现如下报错：<br />![image.png](https://cdn.nlark.com/yuque/0/2019/png/119869/1556710151225-817ae95f-b052-4fc7-b810-2c6d5017c479.png#align=left&display=inline&height=771&name=image.png&originHeight=771&originWidth=1920&size=272472&status=done&width=1920)

    报错的大致意思是这个随机化日期后的“RDRP74_tipdte.Rep1.xml”文件的第190行的”spec”字符后面没有等于号。
    于是打开“RDRP74_tipdte.Rep1.xml”查看了下第190行：
    image.png

    而没有进行日期随机化的xml文件在这个地方的内容如下：
    image.png

    果然“RDRP74_tipdte.Rep1.xml”里没有等于号。
    于是对照着的将信息改了，重新运行“RDRP74_tipdte.Rep1.xml”后发现依旧报错，而且是同样的报错信息，硬是说第190行的”spec”字符后面没有等于号……

    考虑到beast 2.x和beast 1.x的xml文件内容布局是不同的，而且TipDatingBeast包最初是针对 beast 1.x系列开发的，于是检查了下随机化日期后xml文件里的每条序列对应的日期，惊奇地发现，和没有随机化的xml文件里的是一模一样的…..
    也就是说，本次TipDatingBeast包其实是随机化日期失败了…..
    于是去查了下这个TipDatingBeast里的函数，发现这个包目前依旧还是没有更新：
    image.png

    又查了下该包里做日期随机化的函数，描述如下：
    image.png
    果然是只适合beast1.x系列啊！
    TipDatingBeast包不适用于beast 2.x系列的xml文件分析,但是可以用于beast1.x的xml文件分析。
    而且，测试表明，TipDatingBeast**包只适用于beast1.8.4的xml文件，而beast1.10.4则不适合。**

    本次教训：**以后用某个R包之前，要确认下其适用的范围。**