在进行序列分析时，难免要做一张序列两两比较的同一性（大致和相似性差不多）表，比如下面这样的：
    使用BioAider快速生成核苷酸 氨基酸序列同一性矩阵 - 图1
    Li Jin-Yan et al. Microbes and Infection. 2020
    **
    单一核苷酸或者氨基酸序列同一性表比较好办，可以通过Geneious （付费软件）或者BioEdit来完成。但是，对于编码基因，大多数情况下（或有时）我们需要联合核苷酸和氨基酸的同一性来一起展示。

    如下面这样：
    使用BioAider快速生成核苷酸 氨基酸序列同一性矩阵 - 图2
    **Zhou Peng et al. Nature. 2020**

    在BioAider出现之前，以前我是通过BioEdit这款软件计算序列同一性。不过它有一个很大的局限，就是上面那种核苷酸+氨基酸同一性矩阵表，它不能一步生成，得先分别计算好核苷酸或者氨基酸同一性表，再手动（不懂编程的）或者通过脚本（懂编程的）进行合并。

    新出的生信小软件BioAider可以很好地解决这点。

    先附上软件下载地址：https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider/releases
    使用BioAider快速生成核苷酸 氨基酸序列同一性矩阵 - 图3
     目前最新版为1.03**

    打开BioAider V1.03后，进入菜单栏，选择Similar Analysis >- Sequence Identity Matrix，如下：
    使用BioAider快速生成核苷酸 氨基酸序列同一性矩阵 - 图4
    输入序列要求是已经基于密码子方式比对好的

    拖拽或者通过按钮导入已经基于密码子方式比对好的序列文件，然后选择“Combination nt and aa”。因为示例数据是冠状病毒，所以我们选择标准密码子表进行翻译，再点击运行按钮即可。

    运行很快，输出结果在软件的“Result”文本框（用来预览）和输入文件所在的目录（*.csv表格文件）下。
    使用BioAider快速生成核苷酸 氨基酸序列同一性矩阵 - 图5

    打开.csv表格文件如下：
    使用BioAider快速生成核苷酸 氨基酸序列同一性矩阵 - 图6
    **仅仅显示一部分

    */    的前面是核苷酸同一性值（%），后面是氨基酸同一性值（%）。

    分析结果快速准确，表格稍微整理下可直接用于文章发表。不仅如此，针对编码区基因的核苷酸序列计算同一性，BioAider还提供了压缩gap功能（Condense gap），当然，这是一个可选项。如果勾选了这个选项，BioAider会将对齐序列中每3个连续插入或删除（gap）的碱基视为一个,再计算成对序列同一性，生物学背景的同学可以稍微思考下就能想通这么做的理由。

    PS：如果只是生成单一的核苷酸或氨基酸序列同一性矩阵表，输入序列不要求基于密码子的方式对齐，然后选择“Single nt or aa”单选按钮，同样运行即可。