1．MEGA（找核苷酸模型或氨基酸模型）里的模型基于BIC标准，BIC值越低对应的模型越好。文件要求：fasta或者.mas格式的文件。

    2．Mrmodeltest（找核苷酸模型）里有两个标准，一个是hLRTs，另外一个是AIC标准，优先选择AIC标准下的最佳模型。（软件结果会直接给出使用该模型建树的代码，可以直接复制到文件里用于PAUP或者Mrbayes建树），文件格式要求：连续的nexus文件。

    3．Modeltest（找核苷酸模型）,同Mrmodeltest。

    注意：Modeltest和Mrmodeltest的运行依赖于软件PAUP，这一点非常不方便。

    4．Jmodeltest（找核苷酸模型）里是采取计算似然值来找模型，用户可以自定义根据AIC或者BIC或者DT去找找最佳模型，一般选用AICc（AIC二级修正）或者BIC标准去找最佳模型。文件格式要求：.fasta格式或者连续的nexus文件或者phylip文件。（软件对应的文献给出了图形使用说明书）

    5．ModelGenerator（找核苷酸模型或氨基酸模型）里优先选择AIC1下的最佳模型。文件格式要求：.fasta文件。

    6．Prottest（找氨基酸模型）是通过计算似然值来选模型，它提供了不同的算法去计算似然值，得到结果后，以AICc=0的模型为最佳模型。文件格式要求：推荐使用.fasta格式或者连续的nexus文件。

    7．Modelfinder(找核苷酸或氨基酸模型），常与建树软件IQ-Tree连用。Modelfinder是2014年新出的软件，很快，推荐使用。

    8．关于序列文件的格式的转换，推荐软件BioAider里的Seqformat Convertor功能（https://github.com/ZhijianZhou01/BioAider）。切记，所谓的.nex格式也好，.fasta格式也好，.phy格式也好，指的是里面内容的布局，而非是这个文件的名称后缀。
    Seqformat_Convertor.png

    测核苷酸序列模型软件推荐：Modelfinder。
    测氨基酸序列模型软件推荐：Modelfinder。