GView在线版简介

一个能可视化基因特点的软件——CGView。

1. 软件网络上的截图（点击图片放大更清晰）

 （软件地址：http://stothard.afns.ualberta.ca/cgview_server/）

2. 使用简介

(1)前期介绍

①CGView可以使任何细菌，质粒，染色体，或者线粒体的基因特点可视化。可以帮助鉴别保守的基因片段，基因的水平转移，基因上拷贝数量上的差别。
②通过相似性比较基因。
③PipMzker和ACT可以去可视化用户提供的序列相似度。PipMzker是一个网站服务器计算同一性百分率，可以显示百分率和空位（gap)。
④ATC是独立于java的一个程序，和blast联合使用比较基因序列。先要将序列blast, ATC再将Blast后的序列用有颜色的区域将相似的序列标记。这些线条可以显示哪段基因是保守的，可以将基因的不同结构区域标亮。
⑤尽管ACT和PipMaker可以处理来自任何数据库的序列，但是在可视化细菌和细胞器序列上不受欢迎，其他的程序像CGView， GenomePlot， GenoMap 和 Microbial Genome Viewer就可以用了。

(2)程序说明书及各参数介绍。

①网站上提交要分析的数据，至少要提供DNA序列和邮箱地址。
可以提交4种格式的序列：raw, FASTA,GenBank 和 EMBL格式。如果使用GenBank 或 EMBL，文档里的基因注释将会出现在图中。邮箱地址是需要的，因为分析需要一段时间，分析完后发送到你的邮箱。
②增加一个附属的处理原始DNA序列的功能—GFF文件，GFF是用来描述与核苷酸及蛋白质序列相关的基因和其他特点。这种特点可以在所做图中基因的相应位置显示出来。GFF在“feature”栏包含一个COG分类，CGView会根据COG分类把特点标颜色。除了使用COG分类上色外，还可以根据其他基因类型比如CDS，tRNA,rRNA等等进行分类上色。
③GFF文件可以来源于多种分析程序，比如Excel.
④数量统计也可以放在图中，通过再次使用GFF文件。这个函数可以可视化其他分析程序的得分或者测量结果。
⑤为了增加的DNA序列比对的需要。最大可以使用3个用来blast的数据库，可以使用fasta或者multi-FASTA,多FASTA格式允许使用序列集合进行单一比较。默认的数据库包括所有蛋白质家族的成员，或由特定细菌基因组编码蛋白质组。
⑥对于每一个比较组（blast1,blast2,blast3)里有一组选项指定搜索类型和搜索参数。允许在DNA和蛋白质水平上进行搜索。并根据重要性（e值）进行过滤，对齐长度和百分比同一性。
⑦CGView Server界面的最后一部分是设定序列分析后的特点展示。
(i) 如GC content,GC skew, ORFs, 起始和终止密码子。去调整图像上的结构。
(ii)比如“blast hits by reading frame”可以根据阅读框计算，这种能力可用于鉴定哪些ORF在重叠组中是保守的。
(iii)“opacity for BLAST hits”还可以用部分不透明度绘制，使一级序列中多个重叠被识别。
(iv)其他选项包括绘制缩放的图形，特征标签、图标，和标题。

(3)程序计算原理。

提交给CGView服务器的数据进入分析 队列。 Perl程序定期检查队列，开始处理。处理开始于使用的formatdb程序（包含在BLAST中），将任何比较序列转换为BLAST数据库。
作为查询的主要序列，在调用独立BLAST之前。首先将其拆分为用户定义的较小子序列。序列文件，BLAST结果，GFF文件和用户选项传递给另一个构建XML的Perl脚本，CGView地图绘制程序的文件。 CGView生成PNG图像，图像和描述提交的文件和设置通过电子邮件发送给用户。

(4)图形结果解释。

①圆环用于展示从传入序列里读取到的基因信息。特点和分析结果来自于GFF文件，ORFs, 起始密码子和blast结果构成基本图。
②特征根据类型着色，并且在某些情况下，调整特征的高度以反映它的属性。在“blast hit”中，高度与同一性大小成正比。相似的，GFF文件里得分值用于确定图形里的高度。
③另外一个选项图标，去将所有的特征上颜色。
④图片中的标签根据特点绘画，来自于传入的序列或者GFF文件。
⑤一个序列标尺，画在特征环内最里面的，允许要确定的特征的近似位置。

(5)软件缺点

与ACT这样的独立工具相比，CGView Server的一个缺点是是服务器返回静态图片，虽然这些图像适合出版，ACT可能对深入探索序列和BLAST结果更有用。

(6)美图欣赏（点击放大超清）

以下图片均来自网站示例数据。

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