1. 安装依赖**


RepeatModeler 安装之前需要安装以下软件：

  • perl （Unix system with perl 5.8.0 or higher installed）
  • RECON - De Novo Repeat Finder; 鉴定重复家族
  • RepeatScout - De Novo Repeat Finder; 从基因组中鉴定重复序家族序列
  • TRF - Tandem Repeat Finder
  • RMBlast - A modified version of NCBI Blast for use with RepeatMasker and RepeatModeler. 或者 ABBlast - Sequence Search Engine 任一一款搜索引擎
  • RepeatMasker & Libraries

各个软件详细安装方法如下。
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1.1 RECON

  1. #下载后
  2. tar -zxf RECON-1.08.tar.gz
  3. cd RECON-1.08/src
  4. make
  5. make install
  6. #给recon.pl脚本中添加路径，第三行
  7. $path = "*/RECON-1.08/bin"

1.2 RepeatScout

  1. #下载后
  2. tar -zxf RepeatScout-1.0.6.tar.gz
  3. cd RepeatScout-1.0.6
  4. make
  5. ##会生成build_lmer_table， RepeatScout-###两个程序

1.3 TRF

选择 Linux command line 64-bit ，下载后，直接使用，不需要解压缩。Release

  1. $ wget https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF/releases/download/v4.09.1/trf409.linux64 -O trf
  2. $ chmod a+x trf


1.4 RMBlast

  1. # 下载
  2. wget http://www.repeatmasker.org/rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
  3. #下载后，直接解压即可
  4. tar zvxf rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz

2. 安装

2.1 RepeatMasker 安装

事先必须安装TRF，RMblast。

  1. #下载后
  2. tar -zxf RepeatMasker-4.1.0.tar.gz
  3. cd RepeatMasker
  4. chmod -R 755 *
  5. ./configure. 执行后一步一步来，输入需要的路径
  7. #首先是perl环境，默认自动检测，或者手动更改perl主程序路径后回车继续
  8. #然后是TRF， 输入包含TRF的路径
  9. #序列搜索引擎，刚才安装了RMblast，先选择RMblast，然后回车，然后选择5 done
  10. #提示 完成安装，将RepeatMasker设置到环境变量即可

2.2 RepeatModeler 安装

  1. #下载后
  2. tar. -zxf RepeatModeler-2.0.1.tar.gz
  3. cd RepeatModeler-2.0.1
  4. chmod -R 755 *
  5. perl ./configure  根据提示，一步一步来，和上面repeatmasker类似

参考：http://www.meiyoubug.com/article/21937.html