Bioconductor org.Xx.eg.db 系列包

在 bioconductor 的官网里面可以查找到 “OrgDb“ 的包大约有 20 个，基本上跨越了我们生物信息分析中最常用的物种啦！

完整链接：http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___OrgDb

R 安装示例：

BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db", "org.Mm.eg.db", "org.Mmu.eg.db", 
      "org.Pf.plasmo.db", "org.Pt.eg.db", "org.Rn.eg.db", 
    "org.Sc.sgd.db", "org.Ss.eg.db", "org.Xl.eg.db", 
    "org.Gg.eg.db", "org.EcSakai.eg.db", "org.EcK12.eg.db", 
    "org.Dr.eg.db", "org.Dm.eg.db", "org.Cf.eg.db", 
    "org.Ce.eg.db", "org.Bt.eg.db", "org.At.tair.db", 
    "org.Ag.eg.db"))

1. 人类：org.Hs.eg.db，Homo_sapiens
2. 小鼠：Bioconductor - org.Mm.eg.db，Mus_musculus
3. 大鼠：org.Rn.eg.db，Rat
4. 酵母：org.Sc.sgd.db，Yeast
5. 飞行类：org.Dm.eg.db，Fly
6. 拟南芥：org.At.tair.db , Arabidopsis（Arabidopsis_thaliana）
7. 斑马鱼：org.Dr.eg.db，Zebrafish（Danio_rerio）
8. 蠕虫：org.Ce.eg.db，Worm
9. 牛：org.Bt.eg.db，Bovine
10. 鸡：org.Gg.eg.db，Chicken
11. 犬类：org.Cf.eg.db，Canine
12. 猪：org.Ss.eg.db，Pig
13. 恒河猴：org.Mmu.eg.db，Rhesus
14. 大肠杆菌 K12 株：org.EcK12.eg.db，E coli strain K12
15. 非洲爪蟾：org.Xl.eg.db，Xenopus
16. 按蚊：org.Ag.eg.db，Anopheles
17. 黑猩猩：org.Pt.eg.db，Chimp
18. 疟原虫：org.Pf.plasmo.db，Malaria
19. 酒井大肠杆菌：org.EcSakai.eg.db，E coli strain Sakai
20. 粘球菌 xanthus DK 1622：org.Mxanthus.db，Myxococcus xanthus DK 1622