conda

conda简介

Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda主要用于Python程序，适用于Linux，OS X和Windows，也可以打包和分发其他软件。
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conda安装

conda下载

1、利用搜索引擎搜索conda 清华（镜像）。
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2、点击，下翻至minconda镜像使用帮助。
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3、点击，搜索“miniconda3lastest”，右键复制链接地址。
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4、使用wget -c 下载miniconda。
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运行conda脚本

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查看license

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同意lisense

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选择安装位置

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同意conda初始化

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加载.bashrc文件

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conda使用指南

配置conda频道

1、搜索频道：以bioconda为例。
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2、右键、复制链接。
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3、利用conda config —add channels 配置频道
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  • tips1：不要重复添加相同的频道，冗余的频道会让安装软件的过程变慢；顺序是有意义的
  • tips2：添加镜像要看服务器所在的位置，不是使用者所在的位置

4、利用vim命令删除default，删除https的s。
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创建独立环境

1、创建独立环境
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2、删除小环境及安装的包

  1. conda remove -n rna --all

3、重命名一个小环境
先克隆新的，再删除旧的。

  1. conda create -n Python2
  2. conda create -n py2 --clone Python2
  3. conda remove -n Python2 --all

安装常用软件

1、搜索软件：网络搜索即可（以fastqc为例）。
2、conda安装

  1. conda install fastqc

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3、安装完成
出现三个done代表安装完成
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4、删除软件

  1. ## 删除指定软件
  2. conda remove fastqc
  4. ## 删除特定环境下的软件
  5. conda remove -n rna fastqc
  6. ## 不指定-n则删除当前环境下的软件
  7. ## -y参数可以跳过确认执行的步骤

5、升级软件

  1. conda update fastqc

conda常用命令总结

  1. ## 查看安装的软件
  2. conda list
  4. ## 查看符合正则表达式的软件
  5. conda list fast*
  7. ## 查看指定环境的软件
  8. conda list -n rna

升级conda

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mamba

mamba简介

mamba为加速conda而生，其改写了conda下载资源的固有方式，以多线程的方式对网络资源进行并行下载，从而大幅提升conda效率。https://github.com/mamba-org/mamba
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mamba安装

  1. ## 确保安装到base环境
  2. conda activat base
  3. conda install mamba

mamba使用指南

安装方法同conda。