1、请问出现“package ‘Do. db’ is not available for this version of R”需要R版本更新吗？
A：不需要。用Biocmanger::install()安装，仿写前面的安装代码。一部分包（CRBN收录的）需要用install.packages()函数；另一部分需要用Biocmanger::install()命令安装（Bioconductor收录）。
2、请问R包安装成功是一个什么样子呢？我的和答疑文档里面的显示的并不一样，但也没看到报错。
A：library一下这个包，没有error就是安装成功。
3、安装教程视频里说，安装到最后有216个文件夹，我有210个有问题吗？
A：没事，不用数。只要按照我们提供的代码从头到尾跑下来，没有error，就没问题，这其中的原理和逻辑，小洁老师会在课上给大家讲。
4、安装WGCNA的时侯有个这提示，需要做点什么吗？
A：没有error就不用管。如果最后library不成功，把这个圈出来的包安装一下。
5、需要把软件都放在C盘吗？
A：R和Rstudio都要安装在c盘，其他随意。
6、想问一下R是安装这个最新的吗？
A：那个还没正式发布，安装4.1.0即可，直接下载网盘的最好。
7、为什么我copy了NO.3［2］的code，run后显示error？
A：从第一行开始，一行行运行，不要点太快，留意运行结果，有 ERROR 就停下来解决。看起来是需要安装新版本的Rstudio，网盘或官网下载新版本。
8、看直播的电脑和实操的电脑需要是同一台吗？
A：有条件的话，可以是两台设备，但最好就是一台设备两个显示器。上课过程需要大家通过截图进行课堂互动，如果是两台设备，截图不方便。
9、请问这些代码的意思是我已经安装过了这些R包了是吗？
A：是的。
10、请问这样是不是还没跑完程序呀？
A：右上角红色STOP代表还在运行中；左下角出现>证明跑完了。
11、请问WGCNA安装不了怎么办？
ERROR: dependencies ‘preprocessCore’, ‘GO.db’ are not available for package ‘WGCNA’* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/library/WGCNA’Warning in install.packages :installation of package ‘WGCNA’ had non-zero exit statusThe downloaded source packages are in‘/private/var/folders/_b/hxptskzj2svb2dltbn375dv00000gn/T/Rtmp3XMKtl/downloaded_packages’
A：先安装 preprocessCore’, ‘GO.db’；再看报错， 缺啥就安装啥。
12、请问这样是网络问题吗？
A：是的，重新运行这句代码，或者换个网络环境。
13、请问这样的报错该怎么解决呢？
A：缺啥补啥。他说找不到XML, 那就安装这个XML包.
14、直播视频可以下载吗？
A：不可以。
15、点了“new project”没出现下一步，怎么办？
A：重新安装r.studio。
16、R studio如何升级？
A：软件官网下载最新版本，安装即可覆盖旧版本。
17、请问需要专门学统计学知识吗？
A：推荐自学，生信技能树语雀平台上有相关的知识专题，链接为：https://www.yuque.com/r/biotrainee/books?q=
18、请问这两种查看有什么区别？
A：前者返回向量，后者返回数据框。
19、请问为何无法打开文件，总是报错？
A：打开 Rstudio 的方式不对，要先打开Rproject。
20、请问 = 和 <- 都代表赋值吗？可以随便用吗？
A：大多数情况下可以通用。
21、请问微信推文中的练习题在哪里？
A：
这里面的代码都是复制粘贴即可运行，加深自己的理解。针对有进阶需求的小伙伴哦~
22、每次加载Biocmanager都巨卡，是否可以只用biocmanager::？
A：可以。
23、列表取子集的问题，这两条命令区别是什么，为什么控制台里显示的结果是一模一样的？
A：打个比方：火车有八节车厢，x[2]表示第二节车厢，x[[2]]表示第二节车厢里面的东西。可以比较一下
class的结果，两个的数据类型是不一样的。
24、请问这里如果想给每个Species自定义数据点形状要怎么写呢？
A：仿写这条命令，color换shape即可。
25、请问这种报错该如何解决？
A：重启电脑。
26、请问下按照课里同样的代码，为什么运行不出？
A：不同样，少了一个右括号。
27、想问一下为什么这张图里面control组的表达量的平均值取log是log2（y）=（7.24+6.8+7.7）/3？不应该是log（y）=log2((2^7.24+2^6.8+2^7.73)/3)吗？
A：https://www.biostars.org/p/342756/
这个链接里面有一句说，Biostats programs will often estimate log2(condition1) using mean(log2(condition1)). This is equivalent to taking the geometric mean of the original data. Thus, Log2FC = mean(log2(condition1)) - mean(log2(condition2)) is the same as Log2FC = log2(geo_mean(condition1)/geo_mean(condition2)).
28、请教下，我下载GEO数据的时候出现这个问题。数据没下载完整，删了重新下载还是这个问题。
A：1）去GEO数据库下载，然后保存到工作目录下。2）或者换个网络环境。3）还有一个办法：
library(AnnoProbe)library(GEOquery)# 获取表达量矩阵gse_number <- 'GSE53757'gset <- geoChina(gse_number)a=gset[[1]]dat=exprs(a)dim(dat)
29、请问这个包为什么装不上？
A：上面写的是缺 XML，先安装缺失的这个。
30、R包安装的时候第一步提醒这个是怎么回事，软件版本不对吗？
A：安装一个新版本的 Rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
31、老师们，请问有Linux系统安装教程么？
A：我们的 Linux 操作都在服务器上完成，课前会给大家服务器账号，需要大家按照课前说的填写问卷以及安装好软件就行。请不要自己去折腾虚拟机或者双系统，否则后果自负。
32、请问这个报错是什么意思？
A：试试一下安装这个包。
33、请问出现乱码该怎样操作？
A：编码改为utf-8。
34、如果以后要更新R的话，这对已经安装的R包会有什么影响呢?需重新装R包还是可以继承以前的R包呢？
A：R包也会继承，支不支持新版本的R就是另一回事儿了。
35、请问这是什么意思？
A：文件夹拷贝需要加参数，每个命令都有对应的参数。
36、我先安装了一遍，然后conda —help不行，然后有重新安装了一遍，还是不行。
A：需要删除那个文件夹，重新安装之前必须要保证你清除了它一干二净。
37、大家的Xshell都怎样弄的呀，我的过期了怎么办？
A：下载一个社区版就好了，那个是免费的。https://www.netsarang.com/en/free-for-home-school/这个链接点进去
38、这个图，要表达的意思是什么，看不太懂？
A：
39、请问老师，怎样确定一个软件需要创建什么样的小环境呢？
A：看软件官网或者github，如果都没有介绍，那就单独创建一个环境，只安装这个软件。
40、是不是我们用conda安装的软件，直接调用了小环境，所以不需要用管理PATH？
A：是的，Conda在一定程度上就帮我们管理好path了。
41、老师参数扩展是不是一般只在echo输出的时候使用？
A：不是呀，我不是还举了文件重命名的例子吗？还有输入文件和输出文件命名的例子。
42、老师，那通配符和参数扩展是对于一般的linux命令都适用的吗？
A：嗯，就是Linux的语法。
43、老师帮我看看自己敲得代码为啥结果错误，第一行awk “BEGIN {num=0} {num=num+length($0)} END{ print “num=”num}”自己敲得，第二行复制老师的awk ‘BEGIN {num=0} {num=num+length($0)} END{ print “num=”num}’。
A：单引号和双引号。
44、请问有小伙伴记得小洁老师之前提过的PDF编辑器叫啥名字吗？
A：pdfelement。
45、麻烦问个小白的问题，昨天第一节课讲了两个文件夹里的同名数据，但是一个1.3G，一个1.3M，如图。有点不太明白差别。
A：一个是原始数据，一个是从原始数据取出来的测试数据。
46、老师想问一下这个报错怎么解决？
A：这个zip文件，里面有很多子文件，不能直接zcat。如果你要查看里面的文件，下载到本地，解压查看。
47、想问下conda安装，无论安装哪个都报这个，安装不了，请问怎么解决？
A：你没有按上课讲的添加镜像。
48、老师，这个为什么找不到文件？
A：rawdata 没有赋值。
49、这个问题怎么解决呀？
A：看error.pdf。
50、请问一下，这个怎么解决？
A：现在环境里面没有可用的java，你可以激活rna小环境，用小环境的 java。
51、我软连接过去了，ls也看到了，但为什么不能运行呢？
A：这个软件不能通过bin的形式使用的，只能通过java -jar 指定 jar 文件的路径。你可以看到我ppt上没有添加这个软件的bin。
52、我是哪里出问题了吗？
A：你的代码里面，没有把标准输出或标准误输出重定向到log文件里面。
53、麻烦问一下，index这一行最后有点不太理解，生成的索引是以ht1-8结尾的，这里到前缀就结束了，然后刚才报错了？
A：你的代码多了一个}。
54、麻烦问一下老师，这里出现的两个数字的意思一样吗？不太明白它们的含义？
A：前面的2是指标准误输错，后面的3是和-@搭配使用，指定线程数。
55、老师，不好意思请问我fq转fa文件时，如果用paste+awk合并后，再用tr 把 换成 \n， 想提取每个循环的第1行和第4行话，有办法吗？awk ‘{if(NR%4==1)} {print}’ 和 awk ‘{if(NR%4==0)} {print}’ 要怎么合并呀？
A：https://blog.csdn.net/tterminator/article/details/52226042 awk里有多条件判断的。
56、请问老师，这里ls后保存到config执行的时候系统是先从file10执行的，有没有办法让他从file1开始执行呢？
A：这涉及到一个排序的问题，默认排序方法是叫字典排序，在讲sort命令的时候有提到。如果你想重新排序，你把 ls file* 传递给 sort，想一下sort 搭配哪个参数。想不起可以查一下帮助文档，或者搜索一下。
57、怎么找不到老师给的索引文件呀？
A：试试绝对路径。
58、vim 命令的时候，按esc后，按:回到命令模式是怎么回事？
A：要用英文输入法。
59、老师，黄韧带肥厚文章里面的基因注释文件是怎么来的呢？
A：点开他的网页，附件有哦。
60、求教，我的HOME目录下点开头的文件通过ll显示不出来试怎么回事？比如.bashrc文件，我可以打开但是显示不出来。
A：ls -a。
61、请问一下，如果H列中的元素在B列中出现，想让其返回B列对应的所有A列中的内容，请问这个用R怎么实现呢？
A：df[match(h,b),a]。
62、fastp已经安装，为啥出来这个？
A：参考钉钉群中的error.pdf
63、请问这个是怎么回事？
A：它显示的是红色的，说明这个链接失效了，需要重新链接。你前面的几句链接失败了是因为你要先把这个错误的给删掉才能重新链接。
64、这个提示是什么意思，软件安装成功了吗？
A：没有，看钉钉群error.pdf。
65、linux去操作fq文件，只能先上传吗？ windows系统里有的话，可以直接操作吗？
A：不能。
66、请问各位老师，我在服务器中的R里面跑分析，但是太大了，需要跑两三天左右。但是，晚上服务器会掉线（因为学校会自动断网），有没有好办法让它继续跑啊？
A： 写成一个脚本，把生成的结果保存下载，然后在命令行提交任务，上课有讲怎么运行R脚本。
67、不好意思，打搅老师了。为什么设置了工作目录后，代码还是一会儿可以运行正常，一会儿这样说找不到连接？
A：因为路径中有中文，你可以看到路径里面有很多的问号。
68、请问老师，我在下载.gtf的注释文件中为什么总报错啊？
A：你多次下载冲突，或者是网络问题。删除掉，重新下载，如果不行，就用服务器上已经下载好的。
69、请问老师，这个1和2在这里什么意思？以及&1这个是什么意思啊？
A：标准输出和标准误。
70、老师您好，我尝试这给火山图叠加标记基因，用的是老师提供的代码，但是一直有这个报错，请问怎么解决呢？
A：主要是看看你的数据跟示例数据差异，多head，str，class看看结构是否符合这里面的函数的要求。
71、老师您好，请问如果我现在已经拿到公司给的数据（统计了上调下调基因），是不是可以直接用Rstudio画图？不需要经过linux吧?
A：是的，从表达量矩阵counts文件开始，直接套用我们授课代码即可。
72、老师我想问一下，在build genome index的时侯STAR用到了genome的fa文件和annotation的gtf文件，但是hisat2只用到了genome的fa文件，这两个软件构建出来的index有什么差别么？
A：每个比对软件各自用各自的index，无需对比。
73、老师，请教下，我想把probe_id这一列改成数值型，用as.numeric(deg$”probe_id”)这句运行，运行好了后，用 is.numeric(deg$”probe_id”), 返回FALSE，麻烦老师帮我看下哪里不对？
A：没有赋值等于没有发生。
74、不好意思，老师，我按脚本运行，没有任何改变，为什么这一步总是得到这样结果？
A：物种是不是错了？或者重新启动一下试试？
75、老师，为什么我的sublime写代码不是彩色的呢？
A：先把文件保存为sh后缀。
76、老师在下载数据集出现这种报错怎能解决呢？
A：你当前目录下已经有一个文件了，看看大小是否正常，如果不正常，就删掉重新下载。
77、老师为什么我上一个命令报错，下面一个就可以？cut 默认是换行符，我再重新定义一下分隔符是\t为啥会报错呀？
A：既然默认是制表符，你就不要再多此一举反而引来报错了，没有为啥，作者规定不要多此一举，你就follow作者的规则即可。
78、老师，麻烦问一下我回看fastp数据过滤的时候，发现为啥这个fastp命令用不了了，这是为啥呀？
A：看看钉钉群里的error.pdf 里面记录了解决的办法。
79、请问各位老师，这个figure里的A 和B是用什么package做的， 可以显示Mean normalized expression of genes annotated for enriched pathways。 我一般只会用dot Vln 或者heatmap来显示单个基因的表达水平， 这种画整个geneset里基因的平均表达水平是怎么弄的？
A：Seurat包的打分函数AddModuleScore - 简书
https://www.jianshu.com/p/827143ce66fa
80、老师，能麻烦您帮我看看吗，实在看不出来哪里错了？
A：上课强调过这个\后面不能有空格。
81、老师，红框里的百分比是什么意思？
A：某个主成分所占的比重
82、老师，您看哪里写的不对？
A：先回顾一下上课讲的 match 函数的用法，或者查看帮助文档。
83、请问一下，如果H列中的元素在B列中出现，想让其返回B列对应的所有A列中的内容，请问这个用R怎么实现呢？
A：df[match(h,b),a]。
84、麻烦问一下我从GEO数据库里面下载的一个数据集，用pData获得临床信息，发现他里面每一列的信息排列出错了咋办？例如有一列可能其他样本都是是否吸烟，结果有一行样本显示的是临床分期。这个咋解决呀？pData好像我查看帮助文档也没有啥参数可以设置。
A：如果是作者上传的数据就有问题，那建议放弃。
85、这个找不到注释信息，colnames(b)里面都试了一个遍，都不对。head(exp)以为探针ID是不是ENTREZID，然后试着将ENTREZID转换为SYMBOL，但是也没成功。
A：上课有讲，没有注释包的数据该怎么处理，需要自己注释。
86、老师您好，请问怎么把自己的raw data上传到linux呀？
A：ftp服务可以上传数据。
87、请问一下群里的老师，我前段时间送样到公司测lncRNA，今天公司联系我，说样品中有rRNA去除不掉，要风险上机，说如果比对率低的话，就多测一些数据，请问这样有意义吗？
A：rRNA removal还是蛮常见的操作吧，有很多方法可以去除的。https://mp.weixin.qq.com/s/tcBS0ZOdCod47E4CMOLPXQ
88、请问这个Matrix generics的R包重新安装了为什么还提示报错？杀毒软件也关了，以前的包也删除重装了。
A：重启Rstudio，然后安装matrixstats。
89、老师您好，我在做转录组数据比对:hisat2，照抄了课件中的代码，但是运行几分钟就exit了，报错显示没有文件？可以看一下吗？
A：你碰到的这个是软件安装的问题，需要把samtools缺少的库给安装上。你找一下上课有提到有个error.pdf文件。
90、老师您好，我用featureCounts对我的bam文件进行定量。结果显示%assign不到50%，是不是说明我的数据不好啊？
A：不影响大局。
91、不好意思打扰老师，想请教一个组间富集分析的代码bug可以么？我按照上面的教程利用clusterprolifier的comparecluster函数得到了4个亚群的KEGG富集结果，格式如下~得到图如下。但是前两个条目明显不符合生物学背景，所以我用TC_KEGG2= TC_KEGG[-c(1,2),]函数想要删除前两行，但是再画图的时候就报错提示变成了”data.frame”函数，想请教一下老师应该如何正确筛选或者删除不想要的条目呢？不好意思打扰，谢谢老师
A：https://zhuanlan.zhihu.com/p/111371564
92、大家晚上好，请教一下各位老师同学，注释文件gtf和gff3的区别，他们不是只有第九列分割符号不同吗，请问什么时候注释用gtf什么时候用gff?我上网查阅资料说是一个是对基因注释一个是对基因组注释，没有很理解。
A：现在大部分分析用到的gtf多。
93、我手上有一个几年前的测序数据，测了mRNA和lncRNA，公司给的结题报告是两份，分别是mRNA的和lncRNA的，但是原始数据是一套文件。我后续分析的时候，如何处理呢？按照上课讲的流程，获得的raw data是只有mRNA吗？
A：测了mRNA和lncRNA，公司给的结题报告是两份，分别是mRNA的和lncRNA的，但是原始数据是一套文件。应该是定量的时候基因名字就可以区分，流程上面差异并不大。如果是全转录组，就超出我们的知识范围啦。
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