常用linux命令

文件或文件夹操作

  1. ls    ## List
  2. pwd   ## print working directory
  3. cd    ## change directory
  4. cp    ## copy and paste
  5. mv    ## move
  6. rm    ## remove
  7. touch ## 新建文件
  8. mkdir ## 新建文件夹
  9. rmdir ## 删除文件夹
  10. ln    ## Link

解压和压缩

  1. tar         ## tape archive
  2. zip/unzip   ## 压缩和解压zip结尾的文件
  3. bzip2       ## 压缩和解压bz2文件
  4. gzip/gunzip ## 压缩和解压gz结尾的文件
  5. gtz         ## 压缩和解压gtz格式的文件

文本处理

  1. ## 查看
  2. head/tail
  3. cat/tac
  4. less/more
  5. zcat/zless
  7. ## 统计、排序、去重
  8. wc
  9. |
  10. sort
  11. uniq
  12. tr
  13. paste
  15. ## 剪切、粘贴、分割
  16. cut
  17. split
  18. comm
  19. xargs
  21. ## 三驾马车
  22. grep
  23. sed
  24. awk

文本查找

  1. which     ## 定位可执行文件的目录
  2. whereis   ## 定位文件所在目录
  3. locate    ## 查找文件
  4. find      ## 在当前目录查找文件

任务投递，查看，终止

  1. ## 任务投递
  2. nohup
  3. &
  4. bg/fg
  5. ctrl+z
  6. ctrl+c
  8. ## 查看进程
  9. jobs
  10. top
  11. ps
  13. ## 任务管理
  14. kill
  15. qhost
  16. qdel
  17. qmod

其它

  1. ## 修改密码
  2. passwd
  4. ## 网络测试
  5. ping
  7. ## 空间管理
  8. du
  10. ## 权限修改
  11. chmod
  13. ## 数据拷贝
  14. scp

目录管理

image.png

软件安装

数据下载软件

sapera

质控软件

fastQC、trim-galore、fastp

比对软件

Hisat2、Subjunc

定量软件

salmon