【CGM微信群精彩问答】2019年第1期 - 图1
编辑整理：何逸建
制版：郝樾
为从事基因组学研究的华人学者提供一个交流、学习与合作的平台是CGM成立的初衷。经过两年多时间的发展，CGM已经成为一个拥有300多名华人学者的社群，其中包括来自北美各个州的大学教授，研究员、博士后、在校学生，各行各业的科研工作者，大家的专业横跨分子生物学、遗传学、基因组学、生物信息学、生物统计学、进化生物学等不同领域。
在CGM微信群中常常会有关与学术问题的精彩讨论。不少群友解决了自己遇到的难题，分享了自己的经验体会，找到了合作的伙伴。为了将这些精彩内容保存下来并分享给更多的华人学者，我们特此推出【CGM微信群精彩问答】这个新专题。因为内容很多而我们能力有限，只能做到挂一漏万。有兴趣的朋友可以根据文末的信息加入CGM微信群，问出你的问题，讲出你的答案。

截屏创建软件操作流程视频的工具

Question
祁新帅BHB：请问各位大神，截屏创建短视频的免费工具哪个比较好用？如果要创建软件操作流程的话？
Answers
戚铭盛-DDPSC：电脑上的话截屏很容易，把图片用moviemaker连在一起就可以做短视频。手机的话得借用app这种的话更多的是录屏。
汪捷JGI：如果是Mac系统，可以试试Kap，开源的录视频软件。

查看大型系统发生树的工具
Question
周文彬_ncsu：求问有什么的看树软件可以很方便查看一个big tree吗？Figtree好像不是特别适用。
Answers
邹枨-Cornell & 宋宝兴-Cornell： iTOL
余光创_HKU_bioinfo & 沈星星@VanderbiltU： HMMER
孙苗UFO：dendroscope
沈星星@VanderbiltU：www.treedex.org

可用于物种间基因比对的软件

Question
曹喆：请问compare genes across species大家一般都用什么软件？
Answer
祁新帅BHB：orthofinder然后aligment。

如何使用DNA序列作为输入序列寻找直系同源基因

Question
宋宝兴-Cornell： 请问我想使用DNA序列作为输入寻找orthologs，但是发现OrthoMCL等很多软件都是使用蛋白序列作为输入的。大家有什么推荐的解决方案或者软件吗？我想直接使用dna比对，因为三代数据拼接错误率高，翻译成蛋白会引入更多的错误。
Answers
区树俊 ISU：强行翻译？
王乐-UCD：自己做对比文件。

关于做BWA alignment的问题

Question
沈星星@VanderbiltU：请问做BWA alignment , 同一个library, 很多fastq files, 怎么放在一起比对，输出一个bam。我知道bowtie支持多文件，bwa似乎需要zcat一起？
Answers
赵海楠+MSU：bwa mem ref.fa <(gzip -dc lane1_r1.fq.gz lane2_r1.fq.gz) <(gzip -dc lane1_r2.fq.gz lan2_r2.fq.gz) > out.sam
如果是压缩文件：bwa mem ref.fa <(cat lane1_r1.fq lane2_r1.fq) <(cat lane1_r2.fq lan2_r2.fq) > out.sam
王乐-UCD：bam文件merge也行。

Mac系统好用的代码编辑器

Question
沈星星@VanderbiltU：Mac系统比较好的免费code editor有哪个？我用的TextWrangler每次修改后保存都报警说：The file appears to have been modified, …saving this document may cause data loss。
Answers
杨金良-UNL：推荐Atom。
刘三震-KSU：偶尔用vi editor。
苗晨勇-UNL：同样推荐VS code。Atom也很好。

集群运算出错的解决

Question
Qiushi：有没有使用集群计算的小朋友 对srun: error: slurmreceive_msgs: Socket timed out on send/recv operation这个错误有什么解决办法？谢谢
_Answer
区树俊 ISU：一般是集群有点饱了，过两天就好了。或者你squeue看看，有时候报错但也提交成功了。
Question
Qiushi：谢谢～squeue显示job都被杀了 我正在跟网管联系，我感觉这个是系统设置的时间。是不是属于我无能为力的范畴？
Answer
区树俊 ISU：说明任务提交上去了，只是job里资源申请不对，被slurm杀掉了，你看看集群的硬件配置和对job对要求，修改下参数再投。

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