【CGM会议经历分享】PAG 2019大会（下）

本期CGM会议经历分享系列将继续和大家聊一聊PAG 2019大会，PAG 2019大会（下）。想了解更多关于本系列的介绍，以及有兴趣阅读PAG 2019大会（上）的朋友请点击这里。

PAG (Plant and Animal Genome Conference) 大会作为每年动植物基因组学领域的开年大会，CGM公众号特别选择今年举行的PAG 2019大会作为这个系列的第一个会议。我们有幸访问了四位参会的CGM成员，美国密苏里大学的安宏博士、美国加州大学河滨分校的陈金锋博士、美国明尼苏达大学的雷栗博士和中国武汉未来组生物科技有限公司的刘雷博士，请他们介绍会议经历和感受。因为四位群友提供的干货非常之多，我们分上下两期推出访问内容。上期内容是对安宏博士和陈金锋博士的采访；下期内容是对雷栗博士和刘雷博士的采访。

Plant & Animal Genome Conference: 2019 - PAG XXVII 简介

PAG大会全称Plant and Animal Genome Conference，植物与动物基因组大会。每年一月中旬在位于美国西海岸的美丽海滨城市圣地亚哥举行。会议持续五天，参会人数高达三千人，期间有大量的学术报告、专题讨论，海报展示以及仪器技术供应商展示。无论是规模还是质量，PAG会议都是当之无愧的动植物基因组学顶级会议。对于从事植物基因组学研究的学生学者来说，PAG大会可以称得上是学术生涯中必去的会议之一。
本期嘉宾简介
雷栗博士近期结束了在明尼苏达大学的博士后工作，现在在Joint Genome Institute任Bioinformatics Scientist。
刘雷博士是毕业于武汉大学生命科学院的遗传学博士，目前负责未来组生物科技有限公司的国际业务。他的工业界背景能帮助我们从不同角度学习体会PAG大会。

本期采访内容

Q：请问您们参加过几次PAG大会？这个会议最吸引您的是什么？

雷栗博士：我参加过两次PAG大会，第一次是2015年。PAG大会最吸引我的地方是可以和来自世界各地，各个领域（业界和学界）的同行进行面对面的交流。
刘雷博士：我参加过2018年和2019年两年的PAG大会。这个会议最吸引我的是能汇聚世界上相当多的动植物基因组领域的学者们现场交流学术动向和热点。另外新兴的测序技术与分子生物学技术如纳米孔测序，作物基因编辑，三维基因组技术等也能拓展自己的视野，为今后的职业生涯提供种子和养分。

Q: 请问您们主要从事哪个领域的研究工作？通过本次PAG大会，您觉得您所在的领域目前以及今后一段时间最大热点是什么？

雷栗博士：我主要从事群体基因组学和生物信息学研究。我觉得我所在的领域目前和将来最大的热点是如何运用机器学习的方法来预测基因组里的有害突变。
刘雷博士：就领域来说我的工作属于动植物基因组学。我博士阶段的研究课题属于水稻功能基因组学。现在进入工业届，我现在工作的未来组生物科技有限公司（Nextomics Biosciences Co., Ltd）坚持聚焦在动植物基因组的三代测序（Nanopore，PacBio），也算是没有跨圈。
这次PAG大会给我的最大感受有两个：一是单纯的基因组组装注释已经难以成为一个基因组课题最大最独立的亮点。对于简单基因组而言，构建物种的参考基因组只是第一步，后续的生物学故事与应用可能更为重要；单独说一个基因组是黄金基因组（Golden Genome）/铂金级基因组（Platinum Gneome）已经不够独立支撑一篇CNS(Cell/Nature/Science)级别的文章。对物种的基因组研究已经往纵深发展，你可能要挖掘基因组背后多倍体进化关系，挖掘基因组之间的结构变异，挖掘基因组组分与该物种独特生物学特性之间的潜在关系；在经济作物/畜牧的基因组领域你不能只拿到一个非常高连续性的基因组（不是以前一堆gap的二代基因组），可能你还需要在此基础上去做相应的基因编辑和功能基因敲除实验，这样的项目质量才能更吸引人，
二是对于基因组超大（大于10Gb）、杂合度（＞1%）和重复序列比例很高（＞60%）的复杂基因组，或者一个物种的多个亚种的泛基因组（pan genome）而言，以前难测难组装或者测不起的基因组，随着测序价格的不断下降和生信算法的进步，现在也有越来越多的人开始着手启动测序项目了。本次大会上，Michael Schatz的100个番茄长读长测序计划让人非常震撼，还有一些超大的基因组项目在本次大会上也有人开始报道了。可以预见的是，随着测序物种/亚种的增加，后续针对某个物种的database在今后会越来越多，这些database会成为引用热点。

Q: 请您们分享一下您觉得最精彩的三个报告或者海报，以及您选择它们的原因。（附：PAG相关网页网址，可查看报告的摘要和PPT）

雷栗博士：

1. Plenary speaker: Jonathan Pritchard 的报告： The Omnigenic Architecture of Human Complex Traits
   （编者注：另一位与我们分享经历的CGM群友，安宏博士，同样推荐了这个报告）
   https://pag.confex.com/pag/xxvii/meetingapp.cgi/Session/5815
   
2. Shizhong Xu: A tutorial of statistical power in genome-wide association studies
   https://pag.confex.com/pag/xxvii/meetingapp.cgi/Paper/33241
   
3. Philipp Messer: Population simulations: general concepts and new tools.
   https://pag.confex.com/pag/xxvii/meetingapp.cgi/Paper/36447
   这三个报告脉络清楚、有趣、引人入胜，而且信息量大。都是报告人实验室的最新研究内容和结果。
   

刘雷博士：

1. Michael Schatz的100个番茄长读长测序计划：100 Genomes in 100 Days: The Structural Variant Landscape in Tomato Genomes
   https://pag.confex.com/pag/xxvii/meetingapp.cgi/Paper/33718
   
2. IRRI的科学家Dmytro Chebotarov的“Structural Variation in the 3000 Rice Genomes ”(W673)
   https://pag.confex.com/pag/xxvii/meetingapp.cgi/Paper/36528
   

   Q: PAG大会是世界上最大规模的基因组学会议之一，来自学术界工业界和供应商的参会者有数几千人，华人参与者的比例非常高。请问您们有没有利用PAG会议进行networking，结识朋友，联系合作伙伴，寻找服务供应商的成功经历？您们有没有在PAG大会上social networking的经验窍门可以与大家分享？

   雷栗博士：我的social networking 经验是：跟着一个比较有经验而且人脉比较广的人，比如自己的导师。这样的话，导师会把你介绍给他认识的很多人。另外一点是尽量参加会议中心的早餐或者午餐。并且坐在一些不熟悉的人身边，然后和他们聊天。很多情况下就能认识并了解别人的研究，找到合作伙伴或者朋友。
   刘雷博士：这个问题很好回答。因为大家都说CGM就是我们networking最好的组织。我们是在18年PAG大会就认识了新帅等一批在美国的PhD，postdoc，并相约2019年再聚。以CGM为base，大家相互切磋交流并拓展二级、三级社交，这是一件非常幸福的事情。另外墙报也是一个隐性social的机会。我看到很多出墙报的博士或者博后蹲点在自己的墙报处，要对每个路过观望和感兴趣的人介绍自己的工作，相互问答，这样除了对文章的发表有好处外（说不定路过的人就有reviewer或者你可以推荐为将来的reviewer），还能多交上朋友。

   Q: PAG大会每年都在同一地点举行，您们有没有一些参加PAG大会的小诀窍可以分享给大家，提高大家的参会体验。比如，会场附近有个很不错的饭店。

   雷栗博士：小诀窍是尽量参加会议中心的早餐或者午餐。事先研究一下参会者或者会议摘要，在和老朋友见面的同时不要忘记结交新朋友。最有效的办法就是参加酒店的早餐或者午餐，且坐在不认识的人身边并和人聊天。
   刘雷博士： PAG 的会场就是在fashion valley的旁边，购物是比较方便。酒店，当然是越贵越好，哈哈。不过还得根据自己的预算来。另外附近的酒店大部分都是住的各地的参会者，大家聚起来会很容易。大家在美国可能诀窍比我多，我就不献丑了。
   至此，有关PAG 2019的会议经历分享就全部结束了，再次感谢分享嘉宾安宏博士，陈金锋博士，雷栗博士和刘雷博士。欢迎大家在评论踊跃发言，畅谈自己在PAG以及其他学术会议的经历，与同行分享自己的心得感受。若你有感兴趣的会议，并愿意成为我们的分享嘉宾，请与CGM公众号编辑部联系。
   制版编辑 | Siwen

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