CGM将于2019年8月21日星期三举办第60期在线沙龙活动。我们邀请到了贺飞博士来做一期题为“Flow reduces burden: 外显子组重测序描绘小麦基因组进化蓝图”的学术报告。YouTube直播开始时间是太平洋时间下午6点,北京时间周四上午9点。请点击文末阅读原文,前往Zoom云会议直播间参加在线讨论。
嘉宾简介:
贺飞博士本科毕业于西南大学,博士期间在中国农业大学张子丁教授门下学习生物信息学,2011年获得博士学位。毕业至今,贺博士先后在斯隆-凯特林研究所(Sloan Kettering Institute )发育生物学部的Dr. Zhirong Bao 实验室、布鲁克海文国家实验室(Brookhaven National Lab)生物部Dr. Sergei Maslov 实验室和堪萨斯州立大学(Kansas State University)植物病理学系的Dr. Eduard Akhunov实验室从事博士后研究。
摘要概述:
关键词:
小麦,基因组进化,遗传多样性,基因渗入
小麦是世界上最重要的农作物之一。由于其基因组巨大(~17 Gb),小麦基因组进化的研究一直是一个难题。近年来测序成本不断下降,使得小麦重测序成为可以负担的课题。我们对890个不同的小麦品种进行了外显子测序,利用中国春参考序列,检测到超过三百万SNP位点。利用这套遗传变异数据,我们尝试解答如下几个问题:
小麦基因组中哪些位点受到了人工选择或者自然选择?外源基因组片段如何影响小麦基因组的形成与进化?遗传负荷(deleterious allele load)在小麦的进化中扮演着什么样的角色?
视频:
CGM 第 60 期:管中窥豹,亦别有洞天。外显子组重测序描绘小麦基因组进化蓝图
参考文献:
Fei He, Raj Pasam, Fan Shi, et al. Exome sequencing highlights the role of wild-relative introgression in shaping the adaptive landscape of the wheat genome._ Nature Genetics _vol. 51, pages 896-904, 2019