CGM将于2019年5月29日星期三举办第54期在线沙龙活动。我们邀请到了沈星星博士来做一期题为“酵母菌进化模式: Loss is More” 的学术报告。YouTube直播开始时间是太平洋时间 (Pacific Time) 下午6点。请点击文末阅读原文,前往CGM网站观看直播。国内的朋友也请留意CGM官网,腾讯录播视频会在直播结束以后上线哦!
嘉宾简介:
沈星星博士 (Dr. Xingxing Shen) 于2014年在中山大学生命科学学院张鹏教授指导下获得生物化学和分子生物学博士学位,同年前往范德堡大学 (Vanderbilt University) 生物系Rokas实验室进行博士后训练,通过结合计算生物学手段和动物、微生物的大规模数据,从事系统发育、进化生物学和生物信息学研究。当前关注方向 (摘自个人网站 https://xingxingshen.github.io/) 包括:
1) Investigating phylogenetic relationships in animals and fungi using genome-scale data.
2) Identifying the factors that lead to phylogenetic incongruence.
3) Developing universal nuclear markers for phylogenomics.
摘要概述:
生物多样性是进化生物学,生态学领域研究的热点问题之一。新类群产生是由于该类群新基因的获得 (gain) 还是祖先基因的丢失 (loss),导致它们与其他类群具有不一样的性状?酵母菌亚门是一类古老的真菌微生物,包含酿酒发面的酵母 (Saccharomyces cerevisiae)、导致人患皮肤疾病相关的酵母 (Candida)、导致植物死亡或损伤相关的酵母 (Eremothecium) 、裂解石油的酵母 (Lipomyces) 等等。它们利用多样化的代谢能力几乎适应了地球上每一个角落。为了研究上述问题,我们收集了332个不同酵母(几乎涵盖所有酵母亚门的79属)基因组以及它们45个代谢性状数据。通过比较基因组学和系统发育学分析,我们发现:酵母菌主要通过大量基因的丢失来实现其生物多样性。
视频
参考文献:
Shen X.-X., Opulente D.A., Kominek J., Zhou X., Steenwyk J., Buh K.V., Haase M., Wisecaver J.H., Wang M., Doering D.T., Boudouris J., Schneider R., Langdon Q.K., Ohkuma M., Endoh R., Takashima M., Manabe R., Čadež N., Libkind D., Rosa C., DeVirgilio J., Hulfachor A., Groenewald M., Kurtzman C.P., Hittinger C.T., Rokas A. 2018. The tempo and mode of genome evolution in the budding yeast subphylum. Cell 175: 1533-1545.
ShenX.-X., Hittinger C. T., Rokas A. 2017. Contentious relationships in phylogenomic studies can be driven by a handful of genes. Nature Ecology & Evolution 1: 0126.
Hittinger, C. T., A. Rokas, F.-Y. Bai, T. Boekhout, P. Gonçalves, T. W. Jeffries, J. Kominek, M.-A. Lachance, D. Libkind, C. A. Rosa, J. P. Sampaio, & C. P. Kurtzman. 2015. Genomics and the making of yeast biodiversity. Current Opinion in Genetics & Development 35: 100-109.
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