Juicer Hi-C 数据处理分析（二）

写在前面

上一章我们得到了 .hic文件，从上图我们清楚的看出可以利用 juicer tools 对.hic 文件进行feature annotation 和 analysis 或者 data extration。也可以利用 juicebox 进行可视化。可视化文件主要使用的是 .hic 文件和各种 feature annotation 文件，例如 Contact domains 和 Loops 等。

.hic 文件的 pre 生成方法

https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Pre#file-format
pre 命令允许我们从自己的数据转换成 .hic 文件，暂时没有需求先不写。

juicebox 可视化

下载软件

https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Download

英文官方教程

https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki
还有油管视频

可视化结果