deepTools-的使用（二）

质控 Tools for QC

plotCorrelation

此工具基于multiBamSummary或multiBigwigSummary的输出文件。主要用于同一批样本之间的相关性比较，查看是否差异很大，也可做聚类图，来观察哪些样本相似。需求不大，所以先不讲。

plotFingerprint

此工具主要用于Chip-seq数据，通过比较input和实验组观察实验质量。因为Chip实验有高达90%的假阳性。

$ deepTools2.0/bin/plotFingerprint \
 -b testFiles/*bam \
--labels H3K27me3 H3K4me1 H3K4me3 H3K9me3 input \
--minMappingQuality 30 \
--skipZeros \
--region 19 --numberOfSamples 50000 \
-T "Fingerprints of different samples"  \
--plotFile fingerprints.png \
--outRawCounts fingerprints.tab

——numberOfSamples 参数主要是随机从样本中抽取的箱数来计算相对的覆盖reads数，-bs 可以设置每个箱的base数。

做出的图如上图，大概有三种情况。横坐标是按照bin里read数排序，纵坐标代表bin里reads数的总和百分比。第一个图中，在排序前97%的bin中所有reads数只占了55%，所以有3%的bin中包含了45%的reads。也就是说H3K4me3在某些地方强烈富集，正是我们想看到的。第二个图也很美，而第三个图很难区分input和实验组有什么区别，是个失败的实验。

plotCoverage

该工具可用于评估给定样品的测序深度。它采样100万bp，计算重叠读数的数量，并可以报告一个直方图，告诉你有多少碱基被覆盖多少次。接受多个BAM文件，但它们都应该对应于相同的基因组组装。

 $ plotCoverage -b H3K4Me1.bam H3K4Me3.bam H3K27Me3.bam H3K9Me3.bam
    --plotFile example_coverage
    -n 1000000
    --plotTitle "example_coverage" \
    --outRawCounts coverage.tab \
    --ignoreDuplicates \
    --minMappingQuality 10 \
    --region 19

此工具可以看两个样本的覆盖深度相关性。

bamPEFragmentSize

此工具主要估计片段长度和频率。

computeGCBias

计算GC偏差。