利用conda 安装KOBAS

conda 的出现为软件安装提供很多便利，用户无需自己在编译安装软件，同时安装过程也会解决依赖。由于源码安装KOBAS比较麻烦，所以强烈推荐用conda安装：

  1. # 创建环境
  2. conda create -n kobas
  3. # 激活环境
  4. conda activate kobas
  6. # 安装kobas,
  7. conda install -c bioconda kobas
  9. # 如果安装了mamba，可以改用mamba 安装， 安装速度有较大的提升。
  10. mamba install -c bioconda kobas
  12. # 安装完成之后，试运行,查看是否安装成功
  13. kobas-annotate -h

运行报错解决

image.png
在UOS 20.1 系统利用conda 安转kobas后，退出环境再重新激活kobas环境，会报ImportError: No module named _sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu 错误，百度了一下，原来因为这个模块的名字以下这个_sysconfigdata_x86_64_conda_cos6_linux_gnu，有的软件是依赖_sysconfigdata_x86_64_conda_cos6_linux_gnu，有的软件是依赖_sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu ，解决办法也很简单找出来复制一下就可以解决这个报错，以下报错解决方法：

  1. # 找出相关的包
  2. sudo find ~ -name _sysconfigdata_x86_64* | grep python2.7
  3. # 复制
  4. cp /home/linxz/miniconda3/envs/kobas/lib/python2.7/_sysconfigdata_x86_64_conda_cos6_linux_gnu.py /home/linxz/miniconda3/envs/kobas/lib/python2.7/_sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu.py
  5. # 报错搞定

数据库下载

建议利用FileZilla等FTP下载软件，通过FTP进行数据下载。

KEGG注释

由于blast+ 本身比较慢，又有diamond 这个替代blast+的神器，所以注释的时候，建议利用diamond进行blast，然后将diamond 的结果给KOBAS的进行注释。如果是无参转录组（或者是有参转录组，但KOBAS不支持的物种或ID匹配不上），可以先用KOBAS进行注释然后进行KEGG富集分析（支持物种可以直接进行富集分析）。以下是注释代码：

  1. # 物种所有基因进行注释
  2. # blast
  3. diamond blastp -q TAIR/TAIR8_pep_20080412 -d diamond/ko.dmnd -o test/TAIR_pep.m8
  4. # 注释
  5. kobas-annotate -i test/TAIR_pep.m8 -t blastout:tab -s ko -o kegg.annotate.tmp.all -k KOBAS/
  7. # 关注基因进行注释或者从总的注释结果提取注释信息
  8. diamond blastp -q TAIR/test.fa -d diamond/ko.dmnd -o test/test.m8
  9. kobas-annotate -i test/test.m8 -t blastout:tab -s ko -o kegg.annotate.tmp.all -k KOBAS/

KEGG富集分析

  1. # 富集分析
  2. kobas-identify -f kegg.annotate.tmp -o kegg.identify.tmp -p K -m h -b kegg.annotate.tmp.all -k KOBAS/

作图

自行百度相关代码。