前言

在有批量进行blast的需求时，使用在线的blast Web服务或者通过程序远程blast都存在速度慢、效率低的问题。而blast本地化之后，进行本地blast速度和效率明显提高，不过再个人电脑或者是服务器使用都非常方便。因此，blast本地化使用就非常有必要。本文档整理一种高效的blast本地化的流程。

blast安装

通过conda安装

由于conda管理生信软件包比较方便，所以我通常是利用conda进行生信环境的构建和软件包的管理。同时建议新建虚拟环境用于安装blast。

  1. conda create -n blast    #创建blast虚拟环境，用于安装blast
  2. conda activate blast #激活blast环境
  3. conda install -c bioconda blast    #安装blast。

其他方式安装

NCBI blast+ 数据库下载

NCBI 更新blast 数据库版本到v5之后，blast默认使用v5,所以脚本直接下载的是v5版本的数据库。
查询blast 提供的数据库：update_blastdb.pl --showall