备注：本文档用于整理生物信息学软件，仅有软件包名和简单的介绍。

多组学工具

  1. DRAMS: 一种用于检测和重新排列混合样本以进行多组学数据集成研究的工具，文献链接

    转录因子相关工具

  2. MAGIC: 使用ENCODE数据预测驱动基因集的转录因子和辅助因子的工具，文献链接

    RNA-seq

    转录本定量

  3. kallisto：kallisto是一个从rna seq数据中量化转录本丰度的程序，或者更普遍的是使用高通量测序读取的目标序列。GitHub仓库地址

    差异表达分析

  4. sleuth