参考：https://www.bilibili.com/video/av926253045/

介绍

分子动力学模拟的是分子与蛋白，或蛋白与蛋白之间动态的构象变化。
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奥本海默近似

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分子力学

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分子模型

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溶剂化

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  • 分子对接一般使用非周期性边界条件：

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探究小分子配体与蛋白质或其他对接复合物在真实环境中的构象（如水环境）。

分子动力学应用

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步骤

步骤：

  • 获得小分子合理优化后的结构和电荷；
  • 添加溶剂分子；
  • 添加合理的力场；
  • 进行系统的分子力学结构优化，去除系统中能量不正常的相互作用；
  • 将系统升温到常温（或降温到常温）；
  • 在恒温恒容的条件下，体系达到趋于平衡状态；
  • 在恒温恒容的条件下，进行动力学振荡，使体系达到平稳状态。

AMBER

1）使用gaff 力场模拟药物小分子

GAFF 力场通常包括 CNOSPHFClBrI 等元素。

2）MM-PBSA 方法计算结合自由能

。。。

操作步骤

利用分析轨迹，

参考文章： Identification of Novel Phosphodiesterase-4D Inhibitors Prescreened by Molecular Dynamics-Augmented Modeling and Validated by Bioassay

drug discovery studio-CHARMm

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操作

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gpu加速运算

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  • ds调整gpu运算

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