length

length 可以计算出变量的长度。
length($a)

$a = 'sd';
$size = length($a);

可以通过length 很快计算出一条氨基酸序列的长度。

substr

substr 可以用来输出指定的子字符串。
substr($a, offset, length)
如果省略length 的输入，则默认由起始位置到最后。如果offset 为负数，则从右边开始。
注意：perl 默认的顺序是从0开始的。

$a = 'atcgaaaa';
$s = substr($a, 2, 2); # 从第三个字符开始，选定两个字符。
$s2 = substr($a, -5); # 从右边数第五个，开始输出整个字符。

可以通过substr 快速提取蛋白序列的功能区，比如功能区位于第12个到23个功能区的序列。

index

index 可以用来返回找寻的子字符串在字符串中的位置，如果不在字符串上，则返回-1。
index($string, $substring, position)，其中position表示限制搜寻的区域，默认是从头搜寻。

$s = index('perl6666', 'erl66', 1);

可以利用index 查找某一功能区在蛋白质序列中的位置。