• 市面上现有的各种测序设备
  
• 关于测序相关的内容可以参见https://www.yuque.com/mugpeng/nwmnq7/psqegc

高通量测序在精准医学的应用

1）发现新的基因疾病
2）基因组学筛查，发现遗传病（新生儿遗传病筛查）
3）辅助精准医学（根据乳腺癌基因突变制订治疗策略）

• 查看医师前进行基因筛查
  
• mammaPrint test

生物信息学面临的挑战

1. 测序错误

对于多个相同碱基序列（homopolymer）的测定，有时会无法准确识别数目。（光信号强度衰减）

测序对于GC 序列存在偏差，也会影响最终的结果。

校正方法：

2.计算成本

3.数据储存与可视化

从头测序

de novo sequencing，测定物种序列没有已知序列。

de bruijn graph，采用哈希表的方法，直接将大量的序列信息切割为三个三个的序列片段（这样一大段长的序列就绝对会有重复的组合），每个片段向后错一位，通过搜寻两两的相同内容可以搜寻下一个片段，这样可以节省存储的空间。牺牲了read 连接信息，降低了存储。对于重复序列 的组装也难以测得。

重测序

resequencing，对已知序列物种进行测序。（肿瘤基因测序比对）
可视化的结构变异

转录组测序

通过常规基因组测序，可以通过测定read 强度，间接得知基因的表达量高低。

测定转录本

同一个基因可能有很多个转录信号

表观基因组学

chIPseq

判定转录调控因子结合到的基因调控部位。

• 首先捕获某一个特定的蛋白质。该蛋白可能结合了一段DNA（保护了这段DNA）。
• 使用DNA酶将未结合的DNA 降解掉。
• 将蛋白洗脱，将没有降解的DNA 测序建库。把序列回测到基因组序列上，则序列所在的部位即会有蛋白的结合。可以进一步确定具体的蛋白结合部位，并判定下游调控基因。
• ChIPseq 方法
  

甲基化测定

bisulfite 盐可以将甲基化的胞嘧啶转换为胸腺嘧啶。比较处理前后序列，C 与T 转换的便是甲基化的序列。

组学问题

古基因组学

• 毛发DNA 更容易受到保护