通过KO文件认识KEGG数据库

KEGG官网首页：

https://www.kegg.jp/kegg/

下载KEGG Orthology （基因组全域的基因直系同源组别）文件

人类KEGG Orthology (KO)下载地址：https://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?ko00001

得到一个3Mb左右的.keg文件。

查看

8个大类

grep ^A ko00001.keg

54个小类

grep ^B ko00001.keg

可以发现，以B开头有空行出现。

 grep "B  09" ko00001.keg|wc -l
 54

523条通路(PATH)

grep ^C ko00001.keg|wc -l
523
grep ^C ko00001.keg|grep "ko"|wc -l
498
grep ^C ko00001.keg|grep "PATH"|wc -l   
445 
grep ^C ko00001.keg|grep "BR"|wc -l     
53

“BR”似乎代表了该通路下无蛋白/基因富集：

同时还存在无标识的一些“通路”：

52573个通路中的蛋白质/酶

grep ^D ko00001.keg|wc -l
52573

其中有402个未确定蛋白。

grep "uncharacterized" ko00001.keg|wc -l  
402

org.Hs.eg.db包内数据

没有显示数字，从日期上来看更新是及时的。

*ftp://ftp.genome.jp/pub/kegg/genomes 试了很多种方法都打不开。