多分组数据

多数据联合分析


标准流程后续分析
string、cytoscape
rm(list = ls()) #清空前期
load("step4output.Rdata")
gene_up= deg[deg$change == 'up','symbol']
gene_down=deg[deg$change == 'down','symbol']
gene_diff = c(gene_up,gene_down)
# 1.制作string的输入数据
write.table(gene_diff,
file="diffgene.txt",
row.names = F,
col.names = F,
quote = F)
# 从string网页获得string_interactions.tsv
# 2.准备cytoscape的输入文件
p = deg[deg$change != "stable",
c("symbol","logFC")]
head(p)
write.table(p,
file = "deg.txt",
sep = "\t",
quote = F,
row.names = F)
# string_interactions.tsv是网络文件
# deg.txt是属性表格



文献解读
文献1 二分组

文献2 多数据



文献3 转录因子 多数据





文献4 多数据合并


报错及分析
