4、函数和R包

函数与参数

1、形式参数与实际参数

2、写函数的函数


3、默认参数

练习：
选ace

> jimmy <- function(a,b,m = 2){
+   (a+b)^m
+ }
> jimmy(a = 1,b = 2)
[1] 9
> jimmy(1,2)
[1] 9
> jimmy(3,6)
[1] 81
> jimmy(3,6,-2)
[1] 0.01234568
> 
> #复习：绘图函数plot()
> par(mfrow = c(2,2)) #把画板分成四块，两行两列
> #如果报错，把右下角画板拉大一点即可
> x = c(2,5,6,2,9);plot(x)
> x = seq(2,80,4);plot(x)
> x = rnorm(10);plot(x)
> x = iris$Sepal.Length;plot(x)
> 
> #思考：plot画iris的前四列？
> plot(iris[,1],col = iris[,5])
> plot(iris[,2],col = iris[,5])
> plot(iris[,3],col = iris[,5])
> plot(iris[,4],col = iris[,5])
> 
> #当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环
> 
> jimmy <- function(i){
+   plot(iris[,i],col=iris[,5])
+ }
> 
> jimmy(1)
> jimmy(2)
> jimmy(3)
> jimmy(4)
> 
练习
> # 2、写一个函数，参数是一个数值型向量，输出结果是该向量的平均值加2倍的标准差，
> #并写出用户使用该函数的代码 。
>  joanna <- function(a){
+        mean(a)+2*sd(a) #2可以直接些，不需要用m=2
+  }
>  joanna(rnorm(2))
[1] 2.978756
>

R包

1、R包：大致为多个函数的大包存放，含函数、数据、帮助文件、描述文件
2、安装目的：特定分析功能，需要用相应的包实现。eg.作图包ggplot2，差异分析limma
3、来源：


安装后需加载【一次安装，每次打开新的session都要加载】
library() library(string)【检查是否安装成功的标准，没有error】
require()

快速下载的方式


利用代码【每次新启动时，需要重新加载代码】



安装包——加载包——使用包里的函数

# R包安装
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
install.packages("tidyr")
install.packages('BiocManager')
BiocManager::install("ggplot2")
install.packages('devtools')
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") #括号里写作者用户名加包名
# 清华镜像
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
# 中科大镜像
# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

安装出错时的问题

# 分情况讨论
if(!require(stringr))install.packages("stringr")#分情况安装，
#如有就不安装；如没有会安装。也就是一定能安装上这个包
library(stringr)

帮助文档
①?sd
②直接搜
③Vignettes
④ls()
ls(“package:stringr”)

解决问题