写在前面

由于生信菜鸟团公众号肿瘤外显子系列教程持续的时间较长，且前后由两位作者完成，部分内容衔接不够自然，因此，本文基于系列课程，进行了全面的整理和更新（由生信技能树成员合作完成），希望为读者提供一个更为清晰的入门途径。在学习本文之前，你应该具备一定的 Linux 基础和 R 语言基础，否则阅读和实践起来会遇到各种疑问，甚至完全看不懂。除此之外，你还应该了解一些相关的背景知识，见下文。需要说明的是，本文所采用的的分析方法并非最新或最佳的，如果你认为本文的部分描述或者分析方法存在问题，可以联系生信技能树团队，我们将进行检查确认后进一步更新。

作者感想

原本肿瘤外显子系列教程，只是我的实战笔记，但是在整理笔记的过程中，发现对数据、代码、生物学等知识都有了更加深入的理解。在数据分析过程中，也遇到了很多问题、各种报错等，需要通过不断的搜索来解决，debug 的过程是非常耗费时间和精力的，但却是我提升的最关键一步。在完成该数据分析的过程中，我还发现，网上很多教程，往往只记录了某一步骤或者某一软件的使用方法，没公开数据分析的前后流程。因此希望通过本教程，为读者提供一个参考，降低入门的门槛，更加便捷地完成自己的数据分析。本文的全部代码都已经公开，但是每个人的服务器环境都不同，因此不能保证读者在应用本教程分析自己数据的过程没有遇到 bug，希望读者理解这一点，也希望读者在分析数据的过程中，做好笔记，后面遇到报错或者 bug 才能有迹可循。最后，感谢生信技能树创始人 Jimmy 在我数据分析过程中提供了帮助和指导，感谢思考问题的熊对本教程的悉心整理，感谢琪音熬夜帮我解决 Python 的报错，感谢生信技能树和生信菜鸟团团队一路的陪伴。

@Nickier(nickier)

:::warning 说明：本系列教程涉及到的所有软件和代码都有可能随着时间的推移而有所更新，并不保证所有内容均永远保持可以正常运行，在学习的过程中务必关注自己使用的软件版本和教程中使用的软件版本是否一致。 :::

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