对TAB分隔的，含染色体位置的文件都可以建立索引，如VCF, GFF, BED, SAM …

输入文件必须是bgzip压缩文件

  1. bgzip -@ 4 input.vcf   # 压缩
  3. tabix input.vcf.gz     # 建索引
  5. tabix input.vcf.gz -l   # 查看染色体列表
  7. tabix input.vcf.gz X    # 查看某个染色体
  9. tabix input.vcf.gz 2:1000-1000 # 查看某个位点
  11. tabix input.vcf.gz 2:1000-2000 # 查看某个区间 （1-based）
  13. tabix -T target.bed input.vcf.gz # 指定区间文件（1-based）
  15. tabix -R region.bed input.vcf.gz # 指定区间文件（0-based）

任意TSV文件

  1. $ tabix
  3. Version: 1.9
  4. Usage:   tabix [OPTIONS] [FILE] [REGION [...]]
  6. Indexing Options:
  7.    -0, --zero-based           coordinates are zero-based
  8.    -b, --begin INT            column number for region start [4]
  9.    -c, --comment CHAR         skip comment lines starting with CHAR [null]
  10.    -C, --csi                  generate CSI index for VCF (default is TBI)
  11.    -e, --end INT              column number for region end (if no end, set INT to -b) [5]
  12.    -f, --force                overwrite existing index without asking
  13.    -m, --min-shift INT        set minimal interval size for CSI indices to 2^INT [14]
  14.    -p, --preset STR           gff, bed, sam, vcf
  15.    -s, --sequence INT         column number for sequence names (suppressed by -p) [1]
  16.    -S, --skip-lines INT       skip first INT lines [0]
  18. Querying and other options:
  19.    -h, --print-header         print also the header lines
  20.    -H, --only-header          print only the header lines
  21.    -l, --list-chroms          list chromosome names
  22.    -r, --reheader FILE        replace the header with the content of FILE
  23.    -R, --regions FILE         restrict to regions listed in the file
  24.    -T, --targets FILE         similar to -R but streams rather than index-jumps

区间文件（如BED文件，UCSC库文件等）

  1. #chrom    start    end    name    score
  2. 1    1    2    aaa    1
  4. tabix -c '#' -s 1 -b 2 -c 3 input.tsv.gz

位点文件(如VCF，ANNOVAR注释结果文件等)

  1. chrom    pos    anno
  2. 1    111    hello
  4. tabix -c 'chrom' -s 1 -b 2 -e 2 input.tsv.gz