https://github.com/OpenGene/fastp

1 安装

Linux直接下载编译好的文件即可（默认最新版本）

wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod 755 fastp

2 使用示例

fastp \
    -i ../../RawData/BY3206/BY3206_NZTD181000964_HWHTJCCXY_L6_1.fq.gz \
    -I ../../RawData/BY3206/BY3206_NZTD181000964_HWHTJCCXY_L6_2.fq.gz \
    -o BY3206_NZTD181000964_HWHTJCCXY_L6_1.clean.fq.gz \
    -O BY3206_NZTD181000964_HWHTJCCXY_L6_2.clean.fq.gz \
    -j BY3206_NZTD181000964_HWHTJCCXY_L6.fastp.json \
    -h BY3206_NZTD181000964_HWHTJCCXY_L6.fastp.html \
    -q 5 \
    -u 50 \
    -n 15 \
    -l 150 \
    -w 4

3 结果示例

http://opengene.org/fastp/fastp.html
http://opengene.org/fastp/fastp.json

https://zhuanlan.zhihu.com/p/33601691
https://www.jianshu.com/p/6f492058da5b