1 查看可下载的数据库

  1. annotate_variation.pl -downdb -buildver hg19 -webfrom annovar avdblist .
  2. # or
  3. wget http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/hg38_avdblist.txt.gz
  4. # 名称 日期 大小

image.png

2 下载指定数据库

从annovar下载

  1. annotate_variation.pl -downdb -buildver hg38 -webfrom annovar refGene .

从ucsc下载

  1. annotate_variation.pl -downdb -buildver hg38 -webfrom ucsc refGene .

PS: 一般情况下只会下载指定的库文件和其索引文件，但有些例外如refGene还会下载refGeneMrna.fa文件
当然这个文件也可以通过retrieve_seq_from_fasta.pl手动创建
image.png