1 在线使用

直接选择物种，输入基因列表即可

2 Cytoscope中使用GeneMANIA插件

2.1 安装插件

安装java -> 安装Cytoscope -> 安装GeneMANIA插件(在线安装)，也可以从jar文件手动安装

2.2 下载数据集

在线下载：Apps -> GeneMANIA -> Choose Another Data Set …
手动下载gmdata目录：放到 文档/genemania_plugin 目录下， Apps -> GeneMANIA -> Load Data Set …

2.3 使用示例

Apps -> GeneMANIA -> Local Search …
输入基因列表 -> start

3 命令行模式

3.1 脚本下载：http://apps.cytoscape.org/media/genemania/releases/

wget http://apps.cytoscape.org/media/genemania/releases/3.5.1/plugin-cy3-3.5.1.jar

3.2 库文件下载

查看可下载的库文件

java -jar plugin-cy3-3.5.1.jar  DataAdmin list

查看指定版本库文件的内容

java -jar plugin-cy3-3.5.1.jar  DataAdmin list-data gmdata-2017-07-13

下载指定物种的库文件

java -jar plugin-cy3-3.5.1.jar DataAdmin install-data gmdata-2017-07-13 4

PS: 也可以手动下载解压 http://plugin.genemania.org/data/gmdata-2017-07-13/

set -e
# rm -rf gmdata-2017-07-13
# base
wget http://plugin.genemania.org/data/gmdata-2017-07-13.zip
unzip gmdata-2017-07-13.zip
rm -f gmdata-2017-07-13.zip
# 4
wget http://plugin.genemania.org/data/gmdata-2017-07-13/4.zip
unzip 4.zip
mv 4 gmdata-2017-07-13
rm -f 4.zip
# cache
wget http://plugin.genemania.org/data/gmdata-2017-07-13/4.cache.zip
unzip 4.cache.zip
rm -f 4.cache.zip
mkdir gmdata-2017-07-13/cache
mv CORE gmdata-2017-07-13/cache

最终目录结构如下

其中user目录是首次运行时生成的，要想同组的人可以使用，需要开放写权限

3.3 使用示例 QueryRunner

(
  echo -e 9606
  cat genelist | sort -u | tr '\n' '\t'
  echo
  echo all
  echo 20
  echo bp
) > query.flat
java -Xmx3G \
  -jar ../jar/plugin-cy3-3.5.1.jar QueryRunner \
  --data ../gmdata/gmdata-2017-07-13 \
  --out flat \
  --results . \
  --threads 2 \
  --verbose \
  query.flat

默认输入格式为flat，每行解释如下