1 简介

Nextflow是数据驱动的pipeline，使用软件容器实现可扩展、可复写，适应于大多数常见脚本语言，流畅的领域特定语言（DLS）简化了在云和集群上的部署和复杂并行工作流程的开发。

2 安装

依赖：java1.8 可通过 java -version 查看Java版本
安装: curl -s https://get.nextflow.io | bash``
或者从GitHub下载：https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases

3 示例

vi tutorial.nf

#!/usr/bin/env nextflow
params.str = 'Hello world!'
process splitLetters {
    output:
    file 'chunk_*' into letters mode flatten
    """
    printf '${params.str}' | split -b 6 - chunk_
    """
}
process convertToUpper {
    input:
    file x from letters
    output:
    stdout result
    """
    cat $x | tr '[a-z]' '[A-Z]'
    """
}
result.subscribe {
    println it.trim()
}

运行 nextflow run tutorial.nf``

默认会在运行目录生成work目录，用于保存中间临时文件

还会生成.nextflow目录，保存缓存文件和历史

以及.nextflow.log日志文件，记录详细的运行日志

使用缓存，重新运行脚本 nextflow run tutorial.nf -resume``