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Tophat

build a index

  1. bowtie2-build seaGenome.fna seaGenome.fna

run tophat2

  1. tophat2 -p 8 -i 20 -I 4000 --min-segment-intron 20 --max-segment-intron 4000 --min-coverage-intron 20 --max-coverage-intron 4000 --coverage-search --microexon-search -G Apostichopus_japonicus.gff --library-type fr-firststrand seaGenome.fna SRR771602.fastq
  3. ~/Biosoft/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/cufflinks -p 8 -b ../tophat/erecta.fna -u -o sample1 ../tophat/tophat_out/accepted_hits.bam

merge the transcripts.gtf

cuffmerge -o merged_asm -p 8 -s ../../tophat/erecta.fna list

Enjoy~

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BiliBili:史上最不正經的生物狗