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CPAT

Quick start

  1. cpat.py  -g Tinity.fna -d ~/Biosoft/CPAT-1.2.4/dat/Human_logitModel.RData -x ~/Biosoft/CPAT-1.2.4/dat/Human_Hexamer.tsv -o output
  1. -r 指定参考基因组  
  2. -g 输入的转录本序列。如果是BED格式，必须-r指定参考基因组；如果是FASTA格式，不需要指定参考基因组，即使使用-r参数也会被忽略。  
  3. -d 预制好的模型（Prebuilt training model）（CPAT自带人、鼠、果蝇、斑马鱼的模型）  
  4. -x 预制好的六聚体频率表（Prebuilt hexamer frequency table）（CPAT自带人、鼠、果蝇、斑马鱼的六聚体频率表）  
  5. -o 输出

Enjoy~

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