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表观基因组介绍

表观基因组介绍 - 图1

1. DNA

5mC (5-methylcytosine) 6mA (6-Methyladenine)
表观基因组介绍 - 图2 表观基因组介绍 - 图3
基因表达调控, 染色体失活,
等位基因, 印记基因,
胚胎发育, 细胞全能性, 癌症.		 1, 细菌防御机制.
2, 环境压力,
胚胎发育.

案例:

1. 果蝇

表观基因组介绍 - 图4
PRE (polycomb response element): 招募组蛋白, H3K27me3, 而达到抑制表达效果

细胞印记: 在果蝇发育转录因子会调节某些蛋白表达, 并甲基化作为记号. 后期, 转录因子不在表达, 有甲基化的记号的基因, 继续表达.

2. 开放染色质区, 于调节蛋白结合, 从而调控表达

MEISI, HOXA9, PUI

2. RNA

m6A: 基因表达, 可变剪切, mRNA寿命, 影响翻译
m5A

3. 液体活检的应用

表观基因组介绍 - 图5

cfDNA Methylation 在癌症患者中普遍低
通过血液中的 cfDNA Methylation 值, 来逆推器官Methylation 值

4. 发育

表观基因组介绍 - 图6 表观基因组介绍 - 图7
Hongshan Gou et al. The DNA methylation landscape of human early embryos. Nature. 2014; 511 Stubbs et al. Multi-tissue DNA methylation age predictor in mouse. Genome Biology. 2017; 18:68.

5. 神经

羟甲基化: 脑部, 神经

6. 测序原理

重亚硫酸盐测序基本原理

表观基因组介绍 - 图8

WGBS RRBC
随机打碎, 全基因组测序 酶切富集, 高CG区

氧化-重亚硫酸盐测序

表观基因组介绍 - 图9

转座酶已接近染色质测序

Tn5 转座酶, 接切割富集基因组开放部分(没有与组蛋白结合的DNA)

DNA免疫共沉淀

Enjoy~

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