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SNP Calling: samtools

1. sort by samtools

  1. samtools sort bwa.bam -o bwa.sorted.bam > bwa.sorted.bam
  2. samtools faidx genome.fna
  4. ##Exp:
  5. samtools sort AJ.bam -o AJ.sorted.bam > AJ.sorted.bam
  6. ##Exp:
  7. samtools faidx Apostichopus_japonicus.fna

2. SNP calling

samtools mpileup -guSDf genome.fasta abc.bam | bcftools view -cvNg - > abc.vcf

Enjoy~

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