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概述

IGV（Integrative Genomics Viewer）整合基因组学查看器

(IGV) 整合基因组学查看器 是一个高性能的，易于使用的，交互式的工具，用于基因组数据的可视化探索。它支持从本地或云来源加载的所有常见基因组数据和元数据，研究者生成或公开的元数据。

官方网站，下载与安装

https://software.broadinstitute.org/software/igv/
https://software.broadinstitute.org/software/igv/download
linux 版直接解压就可以用
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应用

https://www.bilibili.com/video/BV1RF411E7KM?spm_id_from=333.999.0.0

1 展示测序结果

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2 比较不同的测序结果

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3，突变组与野生型的比较

m6A测序数据
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软件操作

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支持的文件格式

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理论流程：

1，导入课题所研究的参考基因组与注释（选择IGV自带的 或自行导入），导入成功会显示标尺

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  1. 参考基因组：DNA序列 （fa文件）

  2. 注释：基因注释信息（gff3，gtf）

    2，浏览基因组

  3. 放大 缩小，拖动，左右方向，输入位置，

  4. 查看多基因
  5. 查看转录本（右键）
  6. 查看核苷酸

    3， 浏览测序数据

    载入测序map数据

    4， 保存session

    5，导出和美化

    保存为svg格式方便后期美化

    实操流程

    官网： https://software.broadinstitute.org/software/igv/
    源码GitHub at https://github.com/igvteam/igv/
    IGV web https://igvteam.github.io/igv-webapp/
    下载：https://software.broadinstitute.org/software/igv/download # 有java版的IGV最新版
    指南：https://software.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide # user guide
    命令行安装 慎用 这个版本垃圾 经常报错，还是官网下载独立版好用 ```shell sudo apt install igv igv #第一次启动会自动下载6m的hg19参考基因
  2. <a name="NNVgT"></a>
  3. ### 流程
  4. 0 官网下载有java版的IGV最新版<br />1 下载参考基因 （注意下载和bam文件匹配的参考基因 ）<br />2 gunzip XX.fa.gz<br />3 用samtools 的faidx构建一个.fai索引文件  
  5. ```shell
  6. samtools faidx Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa

4 把fa和它的索引.fai放在本地，然后只需要通过Genomes=>Load Genome from File，导入FASTA文件
5 还需要基因的注释，即加载基因组GTF文件 File => Load from file => 选择解压后的GTF文件 然后可用igv里面的 igv tools先sort处理一下 ，然后index处理一下
6 载入bam文件查看，可按感兴趣基因名进行查找