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转录组概述

6篇重要综述

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最佳实践

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分析策略

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转录组测序数据分析公益视频学习笔记分享

https://mp.weixin.qq.com/s/b_NnpjSTLowos_ABsBeMTQ

中心法则

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转录组概念

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各种RNA在细胞中的绝对数量

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转录组测序实验流程图
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普通转录组测序实验流程图-RNA-Seq

质控

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2100峰图

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建库（富集，打断，反转录，修复，加A, 接头，PCR）

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文库

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质控

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测序

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准备工作

linux命令复习

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目录管理

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FASTQ数据介绍

数据集介绍

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fastq 格式

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fastq 第一行

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质量值

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image.png一般Q值加 33 或 64
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练习

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  1. ## 1
  2. zless  SRR1039510_1.fastq.gz | grep '^@SRR' -c
  3. # sed 版本 
  4. $ zless  SRR1039510_1.fastq.gz | sed -n '/^@SRR/p' |wc -l
  6. ## 2
  7. zless  SRR1039510_1.fastq.gz | grep '^@SRR'  > SRR1039510_1_id
  8. # sed 版本
  9. zless  SRR1039510_1.fastq.gz | sed -n '/^@SRR/p'  > SRR1039510_1_id
  10. zless -S SRR1039510_1.fastq.gz | sed -n '1~4p'  > SRR1039510_1_id
  12. ## 3
  13. zless -S SRR1039510_1.fastq.gz | paste - - - - |cut -f 2 > SRR1039510_1_seq
  14. # sed 版本
  15. zless -S SRR1039510_1.fastq.gz | sed -n '2~4p'  > SRR1039510_1_seq
  17. ## 4
  18. zless  SRR1039510_1.fastq.gz | paste - - - - |cut -f 2 |grep -o [A-Z] |wc -l
  19. # sed 版本
  20. zless -S SRR1039510_1.fastq.gz | sed -n '2~4p' |grep -o [A-Z] |wc -l
  22. ## 5
  23. awk 'BEGIN {reads=25000*2;bases= 1575000*2} { print "reads: " reads*63/10^6" M\n"  "dase:" bases/10^6 "M"}'