2 文本查看、操作、统计命令

cat：Concatenate 查看文本文件的内容，输出到屏幕

常见参数：
-A## 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符
-n## 打印出所有行号，-b参数仅打印非空白行行号
常见用法：cat >file cat file
其他：zcat：可以查看压缩的文本文件 tac：逆向查看

head / tail -n：查看文件的前/后n 行，默认10 行

less: 查看文件

less[参数] 文件名
常用参数：
-N：显示行号
-S：单行显示
zless：查看压缩文件
•上下左右键查看文本内容
•Enter键向下移动一行
•空格键翻页
•q键退出

wc：统计文本

常见参数：
-l 统计行数
-w 统计字符串数
-c 统计字节数

cut：文本切割

常见参数：
-d 指定分隔符，默认\t；
-f 输出哪几列（字段fields）

sort：排序

常见参数：
-n：按照数值从小到大进行排序
-V：字符串中含有数值时，按照数值从小到大排序
-r：逆向排序
-k：指定区域
-t：指定分隔符
106

uniq：去除重复行

常见参数：
-c：统计每个字符串连续出现的行数

paste：文本合并

常见参数：
-d：指定分隔符
-s：按行合并
常见用法：paste file1 file2 或 paste - -

tr：字符替换

常见参数：
-d：删除指定字符
-s：缩减连续重复字符

练习：

1.用less 查看example.gtf，然后管道符传递给wc

$ less Data/example.gtf | wc
    237    6944   77781

2.截取example.gtf第9 列的内容

$ less Data/example.gtf | cut -f 9

3.在第2步的基础上截取分号分割的第1列

$ less Data/example.gtf | cut -f 9|cut -d ";" -f 1

4.在第3步的基础上排序、去重复并统计

$ less Data/example.gtf | cut -f 9|cut -d ";" -f 1| sort |uniq -c

5.在第4步的基础上，将空格替换成制表符

$ less Data/example.gtf | cut -f 9|cut -d ";" -f 1| sort |uniq -c| tr " " '\t'| column -t

6. ~/Data/md5.txt原文件为制表符分割的两列：fastq_md5 和 fastq_aspera，每一列中又以分号为分割，分为2~3子列

$ less Data/md5.txt | cut -f 1| tr ";" "\n" > fastq_md5
$ less Data/md5.txt | cut -f 2| tr ";" "\n" > fastq_asqera
$ paste fastq_md5 fastq_asqera > md5_list
$ cat md5_list