安装conda, 换源，安装软件

  1. # 安装
  2. bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
  3. source  ~/.bashrc 
  4. # 换源
  5. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  6. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  7. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  8. conda config --set show_channel_urls yes
  9. # 查看一下
  10. cat ~/.condarc 
  11. # 删除掉 `~/.condarc ` 中的 defaults 
  12. sed  -i  '/default/d'   ~/.condarc
  15. ###### 创建名为 rna 的软件环境##########
  16. conda create -y -n  rna  python=3.7
  17. # 激活创建的小环境rna
  18. conda activate rna
  19. # 查看当前conda环境
  20. conda info -e
  21. # 安装 fastqc 软件
  22. #conda  install  -y fastqc
  23. conda install -y samtools=1.14  # 等于号没有空格
  24. conda install -y salmon=1.6.0 
  25. conda install -c bioconda snakemake
  26. # aspera (可选)
  27. conda install -y  -c  hcc  aspera-cli
  28. # 可以一次安装多个软件
  29. conda install -y fastqc trim-galore  hisat2  subread  multiqc    fastp
  30. ##通过软件的命令,检查软件安装情况
  31. #  trim-galore
  32. trim_galore --help
  33. # hisat2
  34. hisat2 -h
  35. # subread
  36. featureCounts
  37. # multiqc
  38. multiqc --help
  39. # salmon
  40. salmon --help
  41. # fastp
  42. fastp --help
  44. ####  检查软件 位置
  45. which fastqc # 注意 which后是软件的某个应用
  48. ###### 创建R4环境  #######
  49. conda create -y -n R4 python=3.8
  50. # 激活R4环境
  51. conda activate R4
  52. # 安装R语言本体
  53. conda install -y r-base=4.1
  54. # 安装R语言软件包
  55. #conda install -y r-getopt 
  56. #conda install -y r-tidyverse 
  57. #conda install -y r-ggplot2
  58. #conda install -y bioconductor-limma 
  59. #conda install -y bioconductor-edger 
  60. #conda install -y bioconductor-deseq2 
  61. #conda install -y bioconductor-clusterprofiler 
  62. conda install -y bioconductor-clusterprofiler  bioconductor-deseq2 bioconductor-edger   \
  63. bioconductor-limma r-ggplot2 r-tidyverse r-getopt 
  66. ############  R 内部 安装#######################
  67. R
  68. options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
  69. options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
  70. library(BiocManager)
  71. BiocManager::install('org.Hs.eg.db')
  72. ## 检查 R 包是否安装成功，library  R 包：
  73. library(getopt)
  74. library(tidyverse)
  75. library(ggplot2)
  76. library(limma)
  77. library(edgeR)
  78. library(DESeq2)
  79. library(clusterProfiler)
  80. library(org.Hs.eg.db)

conda 的 各种软件操作（更新，卸载，克隆，删除，查找）

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软件库： https://anaconda.org/serach https://bioconda.github.io/ 搜索时注意软件的 名字的输入

## 查看已创建conda 环境
conda info -e

## 更新
conda update XXX
## 卸载软件
conda remove XXX
## 克隆
conda create -n (new env name)  -cloone (old env name)
## 删除整个环境
conda env remove -n (env name)
## 查找
conda search XXX
## 迁移环境
conda env export > XXenv.yml
## 查看已安装的软件
conda list
## 清空缓存：清除掉下载了但是没有用到的包，清除掉index
conda clean -a
## 查看空间大小
du -sh XXX

从yam创建环境

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cat R4.yaml  
conda env create -f R4.yaml # 注意名字

环境变量$PATH

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image.pngimage.png

.bashrc : 系统配置文件，用户bash 信息

 ## 备份bashrc
 cp  ~/.bashrc   ~/Data/bashrc_bk

$PATH

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bin= binary 执行文件
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二进制安装方式

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下载

hisat2 conda安装

$ conda install hisat2

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解压

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路径法调用

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添加到path

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源代码【source code】安装

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image.pngimage.png
image.pngimage.png
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java编译的软件

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image.pngimage.png
image.pngimage.pngimage.pngimage.png

其他安装法

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练习

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## 1
conda deactivate
## 2
mkdir  ~/bin 
echo  'export "PATH=${HOME}/bin:$PATH" ' >> ~/.bashrc 
source  ~/.bashrc
## 3 
cp /teach/biosoft/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip ~/hisat2/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
cd hisat2/
unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
echo 'export "PATH=/trainee/May24/hisat2/hisat2-2.1.0/:$PATH" ' >>~/.bashrc
source  ~/.bashrc
hisat2 --help