4 正则表达式（技能树）

正则表达式：是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个“规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。

$ cat readme.txt 
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^ 行首匹配

$ cat readme.txt | grep '^T'

$行尾匹配

$ cat readme.txt | grep ')$'

. 任一单字符

$ cat readme.txt | grep 'f.el'

? 匹配之前项0次或者一次，必须有一个前项，后项常为筛选条件

$ cat readme.txt | grep 'f\?ee'

* 匹配前项0次或者多次，必须有一个前项，后项常为筛选条件

$ cat readme.txt | grep 'f*ee'

+ 匹配前项1次或者多次，必须有一个前项

$ cat readme.txt | grep 'e\+'

{n} 匹配前项n次

$ cat readme2.txt | grep 'e\{2\}'

{n,} 匹配前项至少n次

$ cat readme2.txt | grep 'e\{2,\}'

{m,n} 匹配前项至少m,最多n

$ cat readme2.txt | grep 'e\{2,4\}'

[ ] 匹配任意一个字符

$ cat readme2.txt | grep [Hh]

[^] 排除某一个字符

$ cat readme2.txt | grep [^Hh]

| 或 ，在引号里面

cat readme2.txt | grep -E 'ee|We'

练习

1.精确匹配example.gtf中的gene，并统计

2.匹配exon的行，然后反向输出

3.匹配CDS或者UTR的行
4.查找example.fq文件包含@ 的行并统计

5.查找example.fq文件以@开头的行并统计