一切都是文件

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文件系统结构

/ 虚拟目录的根目录。通常不会在这里存储文件
/bin 二进制目录，存放许多用户级的GNU工具
/boot 启动目录，存放启动文件
/dev 设备目录，Linux在这里创建设备节点
/etc 系统配置文件目录
/home 主目录，Linux在这里创建用户目录
/lib 库目录，存放系统和应用程序的库文件
/media 媒体目录，可移动媒体设备的常用挂载点
/root root用户的主目录
/sbin 系统二进制目录，存放许多GNU管理员级工具
/run 运行目录，存放系统运作时的运行时数据
/tmp 临时目录，可以在该目录中创建和删除临时工作文件
/usr 用户二进制目录，大量用户级的GNU工具和数据文件都存储在这里

linux 系统环境

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查看系统资源

查看CPU信息：lscpu
查看内存信息：free -h
查看硬盘信息：df -h
查看文件大小：du -h -d 1
查看文件大小：du -h -d 1
查看系统进程：top 或者 ps -ef 或者 jobs

变量

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自定义变量

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状态变量：

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位置参数变量

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通配符

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参数扩展

# % （掐头去尾）

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image.png

/ （替换）

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：（索引）

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结构化语句

if

  1. ############ 1  ###############
  2. if [ condition ]
  3. then
  4.     commands
  5. fi
  7. ############ 2  #################
  8. if [ condition ]
  9. then
  10.     commands
  11. else
  12.     commands
  13. fi
  15. ############ 3  #################
  16. if [ condition ]
  17. then
  18.     commands
  19. else
  20.     if [ condition ]
  21.     then
  22.         commands
  23.     fi
  24. fi
  25. ########## (else if 可以缩写为 elif )
  26. if [ condition ]
  27. then
  28.     commands
  29. elif [ condition ]
  30.     then
  31.         commands
  32.     fi
  33. fi

数值判断

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image.pngimage.png

字符串判断

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文件判断

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image.png

for

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while

image.png
image.png
image.png
image.png
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练习

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## 1 
$ id=example
$ fastqc ~/
## 2
$ if [ $? -eq 0 ]; then echo "yes"; else echo "no"; fi
## 3

$ for i in {1..10}
> do
> touch file${i}
> done

## 4
$ ls file* | while read id; do echo mv ${id} ${id}.txt; done
$ ls file* | while read id; do mv ${id} ${id}.txt; done

shell脚本编辑

Vim 编辑器

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image.pngimage.png
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image.pngimage.png

保存输出结果log 用 1和2 表示

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修改文件权限

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参数传递

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任务提交（重点）

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指定解释器

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