1.制作cytoscape网络文件及导入
参考:1.Cytoscape教程 P1 将String数据库蛋白互作网络导入Cytoscape,向网络内添加节点属性。
2.数据文件的准备
1.制作network file,一般可从string制作,接原节点与靶节点的关系表。
打开看一下文件
文件的每一行,就是一条edgs,这个文件共有266+1行跟上图的egdes相符,导出之后即如下图可导入cytoscape。
2.打开cytoscape,导入文件
导入后即可出现下图所示界面:
其中紫色三角形是相互作用的类型,此表无此项,可以不设置。
3.可以对node进行修改,及制作属性文件。
处理好的文件,属于属性,可以再导入刚才的网络中去,详见下图
还需要将key,就是第一列的图表钥匙,改道name那一列。
也可以用excel制作属性文件
4.同样可以对edges进行修改,一般不对network进行修改
5.网络文件和属性的文件的快捷导入