miRNA预测靶基因

  1. 全世界的miRNA分析工具都在这里 | 平行对比多个工具的靶基因预测结果
  2. 这是2017发表在Bioinformatics上的一个工具，Tools4miRs，https://tools4mirs.org/，目前已收录了200个miRNA分析工具。有高通量测序数据的分析工具，也有单个序列的分析工具。包括数据库、测序数据分析、All-In-One工具、7类software，还提供多个工具平行预测靶基因功能。其中，7类software包括：鉴定已知miRNA,鉴定isomiRs,分析新的miRNA/Precursor,差异表达分析 ,靶基因预测,靶基因功能分析,miRNA的SNP分析
  3. 以靶基因预测为例，有以下工具。列出了在线还是本地、适用的物种、算法特点、是否要求高通量测序数据作为输入、带不带靶基因功能富集分析功能、参考文献。还能直接选择多个个工具，在它的服务器上预测靶基因，平行对比多个工具的结果。

mirwalk 预测

GSE83701

split -400 ./GSE83701_miRWalk_miRNA_input.txt GSE83701_miRWalk_miRNA_input_
GSE83701_miRWalk_miRNA_input_aa 334
GSE83701_miRWalk_miRNA_input_ab 321
GSE83701_miRWalk_miRNA_input_ac 308