参考来源

方法一

  1. library(GEOquery)
  2. gpl <- getGEO("GPL16570",destdir = ".")
  3. probe2gene <- Table(gpl)[,c(1,11)] #也可以用@取 gpl@dataTable@table,再用[]提取需要的列
  4. save(probe2gene,file = "probe2gene.Rdata")

网速太慢可以在GEO直接下载soft文件,再用上述代码,记得删除不完整原文件

方法二 如果可以找到该平台所对应的R包(http://www.bio-info-trainee.com/1399.html),则可以这样下载:

  1. library(BiocInstaller)
  2. BiocInstaller::biocLite("hugene10sttranscriptcluster.db")
  3. library(hugene10sttranscriptcluster.db)
  4. ls("package:hugene10sttransccriptcluster.db")
  5. keytypes(hugene10sttransccriptcluster.db)
  6. ids <- toTable(hugene10sttranscriptclusterSYMBOL)
  7. head(ids)

3.