参考来源
方法一
library(GEOquery)
gpl <- getGEO("GPL16570",destdir = ".")
probe2gene <- Table(gpl)[,c(1,11)] #也可以用@取 gpl@dataTable@table,再用[]提取需要的列
save(probe2gene,file = "probe2gene.Rdata")
网速太慢可以在GEO直接下载soft文件,再用上述代码,记得删除不完整原文件
方法二 如果可以找到该平台所对应的R包(http://www.bio-info-trainee.com/1399.html),则可以这样下载:
library(BiocInstaller)
BiocInstaller::biocLite("hugene10sttranscriptcluster.db")
library(hugene10sttranscriptcluster.db)
ls("package:hugene10sttransccriptcluster.db")
keytypes(hugene10sttransccriptcluster.db)
ids <- toTable(hugene10sttranscriptclusterSYMBOL)
head(ids)