R数据挖掘

来自生信技能树Jimmy

初级

B站的10个小时教学视频务必看完

视频【生信技能树】生信人应该这样学R语言：https://www.bilibili.com/video/BV1cs411j75B

• 参考 GitHub 仓库存放的相关学习路线指导资料：https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili
• 参考一些优秀笔记，比如https://mubu.com/doc/2KUiSCfVsg
• 课程配套讲义在：文档链接：https://mubu.com/doc/HGT7XBmgg 密码：muwu

配套习题

初级10个题目，尽量根据参考代码理解及完成：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html

中级要求是：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html

高级要求是完成20题： http://www.bio-info-trainee.com/3415.html

统计专题 30题：http://www.bio-info-trainee.com/4385.html

可视化专题30题：http://www.bio-info-trainee.com/4387.html

其它

不做实验、不查病历也能发文章？数据挖掘和 R 语言帮你轻松发 SCI

R语言

中级

GEO挖掘练习

• 代码：https://github.com/jmzeng1314/geo
• 本地“GEO-master.zip”
• R来完成表达芯片分析全流程:http://www.bio-info-trainee.com/2087.html
  是2016年写得笔记，里面有hub基因的找寻方法等。
  • 第一讲：GEO，表达芯片与R:https://note.youdao.com/coshare/index.html?token=FD55F5D26342428EA829319F35C46B27&gid=23785548
    此处有中文范文
  • 第二讲：从GEO下载数据得到表达量矩阵:https://note.youdao.com/coshare/index.html?token=69C0DA517A50446B81691C557C49F48F&gid=23785548

视频：「生信技能树」三阴性乳腺癌表达矩阵探索：https://m.bilibili.com/video/BV1dy4y1C7jz 当时有人编辑修饰视频，加工，耗费了很多精力

• 配套代码：在GitHub哈：https://github.com/jmzeng1314/GSE76275-TNBC ,
• 本地’GSE76275-TNBC-master.zip’

TCGA数据库挖掘，代码在：https://github.com/jmzeng1314/TCGA_BRCA

• 本地”TCGA_BRCA-master.zip”

GTEx数据库挖掘，代码在：https://github.com/jmzeng1314/gtex_BRCA

• 本地”gtex_BRCA-master.zip”

METABRIC数据库挖掘，代码在：https://github.com/jmzeng1314/METABRIC

• 本地 “METABRIC-master.zip”

学徒配套笔记：https://mp.weixin.qq.com/s/OivyB28Gs9aZ6f7VX11SFw

单细胞

大家感兴趣的：https://mp.weixin.qq.com/s/3XyA-DXRzL8JuJlnV3LW0Q
单细胞数据挖掘视频课程的b站免费学习链接：https://www.bilibili.com/video/bv1pa4y1s76J
代码：https://share.weiyun.com/XFuOIEsZ
抓紧时间看完哦，也就是两个小时而已

全网第一个单细胞课程（免费基础课程）
免费学习地址在B站：https://www.bilibili.com/video/av38741055
务必听课后完成结业考核20题：https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w
课程配套资料文档在：https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0Fab3JBRUx0

技能树出品的第二个单细胞课程（进阶课程，仍然免费）

详情请自行阅读介绍 https://mp.weixin.qq.com/s/bLfO-8ri_SNUepGs4UwRQw
本课程长期答疑文档，https://docs.qq.com/doc/DT0FxbEpHYU5ZVlpu
因为课程涉及到知识点太多，所以我拆分成为了5个子课程，欢迎B站提问弹幕交流！全部链接是：
「生信技能树」单细胞进阶数据处理之文献导读，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV17f4y1R7N8
「生信技能树」使用10X单细胞转录组数据探索免疫治疗，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV1xD4y1S74P
「生信技能树」单细胞基因组数据拷贝数变异分析流程，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV1Yf4y1R75R
「生信技能树」云服务器处理单细胞转录组数据，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV154411Z7DU
「生信技能树」使用Smart-seq2单细胞转录组数据探索小鼠性腺发育，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV1454y1q77Z