:::info 第一个上课老师，范振鑫不给 PPT，上课主要讲 基因组概念 + 精准医疗 + 自己目前研究猕猴 + 宏基因组。除了他自己研究课题外，其余知识 B 站有的 :::
教授说上课就是吹牛，学习完全靠课后自己积累
PPT1：给定几个英文单词
Q1：什么是直系同源（Orthologous），为什么建树使用1:1的直系同源？
PPT2：假设20个个体基因组序列
介绍生信带来的作用：
- 加快重复工作
- 快速缩小研究范围：某一耐寒植物筛选耐寒基因，从数据库中筛选出，下游继续做功能分析。
PPT3：生信出现原因？
- 更大数据量：原先测序技术贵，发的文章容易，但是烧钱，科研价值不大。但现在测序价格便宜，因此发文章若无科研价值则很难发文章。
- 生信软件：层出不穷，基本上后发的文章就diss之前发的，吹它自己最牛逼！但是对于非生信的人来说用哪个都行（不管是引用率高或期刊影响力高），但是对于生信人则要测试比对。
- 功能验证：现在很难想出别人想不到的idea，大部分都是拼工作量或者烧钱（你实验室没这钱发）
- 技术更新快：软件更新迭代速度快，一个研究周期可能很长，在当时开题时候选定的软件可能在毕业盲审的时候可能就outdated了。
- 多学科，多组学，跨学科：生信+医学等
开题：
- 提出问题：是否有价值？怎么想出来
- 怎么处理问题？方案①或②；然后实验室条件是否允许？
第二节课：
讲基因组和喝白酒，有两个酶决定你能否喝酒。乙醇xx酶
表观基因组视频：基因表达开关且会遗传下去。表观遗传：在DNA未变的情况下，具有短期或长期的可遗传效应。（DNA修饰，也就是甲基化让酶难以结合达到沉默基因或抑制基因表达。相反去甲基化就是让基因表达，但是这个过程并不是可逆的），基因表达非常复杂，而表观遗传不仅仅与DNA甲基化相关，还与microRNA等表达相关。
Q：为什么有写模式生物的研究结果放到人类上就不行？不都说共同祖先和有大部分相似序列？
- 伦理问题：无法在人身上做
- 模式生物研究周期：例如灵长类动物周期很长，还没等你研究透彻你就退休了。
现如今点突变研究技术非常成熟，但是结构变异CV，反转等大片段的改变研究技术就非常不成熟。
基因组重测序分析流程：GATK流程
非生信同学能用就行，生信同学也不要造轮子，但是要调参让结果更优。
基因组测序测量：
- 从头测序 De Novo：物种从未测序过，测出后需要进行基因组组装+注释得到基因组序列。烧钱：reads->Contig->Saffold->Chrosome
- 重测序手段：有 reference genome 则不用去预测基因结构，reads->reference gnome-(mapping)->Genotype->SNP, InDel, SV
- 最大问题：reference Genome上没有你就无法mapping，因此要选择高质量同物种（或者实在不行找进化关系比较近）的参考基因组。
目前对生信看法：
- 很多人当做工具，论文不给出具体步骤。
- 数据真实性：二代测序可能有误差，怎么验证呢？使用一代测序抽样调查测序反向验证。就怕假阳性太高了。
介绍全外显子测序技术：
Exome sequencing is especially effective in the study of rare Mendelian diseases, because it is an efficient way to identify the genetic variants in all of an individual’s genes.
 step1：Target-enrichment strategies |
 step2：Sequencing |
|---|---|
猕猴：重要的医学模式动物
衰老机制：
- 小鼠/猴子热量摄入少可以延长寿命研究
宏基因组：肠道微生物在之前很火，什么病都可以和肠道微生物相关。到底人类基因组重要还是肠道微生物基因组重要？
基因组时代的精准医疗
PPT1：什么是精准治疗？同一种药和相同疗程，为什么每个人效果不同，也就是个体差异问题如何解决，因此精准医疗就是对特定病人对症下药。
疾病影响因素：
- 基因完全控制（内因）：血友病，囊性纤维病
- 基因无法控制（外因）：生活习惯问题，硅肺，肺癌。
不能盲目追寻个体数据的统计性：
- BRCA2乳腺癌易感基因突变位点，美国歌手的基因检测并不一定适合中国人，因为地区基因不同。也就是结果不具有统计学意义。
- 随着研究深入后，越来越多的突变位点被报道。
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