tips: 可以使用单独的 \ 在命令行的末尾，使用换行的操作。

第一个简单的脚本

利用管道的特性，我们可以非常方便的设计我们脚本的功能。

比如，一个获取-提取-修改功能的脚本，借助于 grep 与 sed ，可以实现将文本文件中的ID 信息转换为URL 中对应的网页端ID 访问内容。

脚本的开头

在编写脚本之前，我们需要为脚本写一个组织行，shebang line，目的是告诉linux 使用何种shell或编程软件来编译这段内容。（当然一般操作系统的shell脚本都会默认读取 #!/bin/bash ，也就是说脚本中可以略去这段）
通过 #! + bash 绝对路径 ，完成shebang line 的编写。
ps：一般计算机（linux类型）编译软件都存在默认的路径下。

  1. #!/bin/bash
  2. '''
  3. BASH
  4. '''
  6. #!/usr/bin/perl
  7. '''
  8. PERL
  9. '''

脚本的执行

当执行脚本时，需要使用 ./xxx.sh 的命令，而非 xxx.sh ，即告诉shell，需要在具体的某个（当前）目录下，执行shell 文件xxx。

脚本中的变量

可以参考
https://www.yuque.com/mugpeng/linux/pkntl1

引入外部参数

image.png
可以在脚本中通过数字，设置一个形参，接着可以通过外部参数，按照顺序传入脚本。
image.png

特殊字符变量

# 表示接收的外部参数总数。
@ 表示总外部参数集合。

循环

如果学会其他编程语言，便可以轻松掌握bash 的循环脚本。

而借助于循环，可以很方便的批量化处理文本等信息。

FOR 循环

需要注意的是，bash 通过占位符体现层级关系（注意空格！！），通过do 与done 包含循环的主语法，表示for循环开始与结束。

第一个简单循环脚本

比如一个编辑的ID 文本，包含了部分uniprot 中的蛋白编码。
image.png
做一个小脚本
image.png
批量读取id信息
image.png

加一点操作，便可以获得批量的数据下载url。
image.png
image.png

从uniprot 中批量下载序列

利用wget 便可轻松下载。
image.png

这时候如果用某个变量替代 uniprot_ids.txt ，便可以引入外部参数，实现反复调用该脚本下载不同的id数据。