查看磁盘空间

df -hl

002. Conda 使用及软件安装 - 图1

软件类型

参考：计算资源及编程-仅针对生信人员：生信技能树

一般来说，下载的linux 软件分成两类，1）二进制软件；2）源码软件。

二进制软件

一般来说，二进制软件已经是预编译的版本了，这类软件对新手非常的友好，也是最方便的，解压就可以直接使用了。（zip, gz, bzip2等等压缩类型）

源码软件

相比起二进制软件，这类软件是作者直接分享了它们的源代码，因此我们需要将它们通过编译器编译它们，从而让计算机读懂它们。

一般来说有三个步骤。
1）配置；2）编译；3）安装。

1）配置

配置部分一般的代码为

./configure --prefix= 安装路径

这个安装路径是用于指定软件编译后的可执行文件所放的目录，而默认的路径需要有root权限。

2）编译

一般通过make 命令对文件进行编译，但经常会出现库文件的缺失，比如bwa的zlib。通常来说这也是其比较头疼的地方。

3）安装

make install，直接安装到相应目录就好啦。

用conda 做你的软件管家

和苹果的app store, 手机的软件管家一样，linux 也提供了conda（miniconda）这样一个软件中心。

我们可以在里面找到各种工具，实现快速的一键式安装，而且可以通过设定不同的环境，使各自依赖的环境相互隔离，不至于使内部安装环境乱成一团。通过conda install便可实现各种软件的安装。
002. Conda 使用及软件安装 - 图3

安装conda

下载

20-12-12 目前最新的镜像版本：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh

通过wget 对应相应的下载地址，直接通过linux 下载对应下载包。

安装

一路 yes 到底

激活环境

如果不希望命令行默认进入conda base 环境，可以输入：

conda config --set auto_activate_base false
source ~/.bashrc #再重新激活一下bash

配置镜像

需要注意的是，conda 从镜像下载内容存在先后顺序，它会优先检索后添加的镜像。

conda config --add channels r 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

这里再推荐一波北外的镜像，实际体验优于清华源：

conda config --add channels r 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

其他conda 选项及镜像源：

conda config --show channels # 显示所有镜像通道路径命令
conda config --remove-key channels #清除添加的镜像源
# 当然我们也可以通过cat查看
cat ~/.condarc

#添加中科大镜像源命令:
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels y


#添加阿里镜像源命令:
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

使用conda

帮助文档

创建环境

创建环境的目的，是为了让依赖不同环境要求的软件可以放置在相同的环境内，以防止不同环境要求的软件因为环境变化产生冲突。

# 创建名为rna的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件
conda create -y -n  rna  python=3
# 创建小环境成功，并成功安装python3版本
# 每建立一个小环境，安装一个python=3的软件作为依赖
# -n 指定环境名，-y 后面可以跳过确认的选项

# 查看当前conda环境
conda info -e

# 每次运行前，激活创建的小环境rna
conda activate rna

# 退出小环境
conda deactivate

conda 的其他命令

用conda 安装软件

前言

这里最好已经创建了相应的环境，并进入了相关的环境，以防止造成环境污染。

另外软件的原名可能和conda 中的名字不一样。
如 sratoolkit 与 sra-tools 。

## 小知识点
# 下载安装软件之前先搜索是否存在
http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
网页搜索：conda ascp

安装

关于conda 的安装相关选项可可以参考：
https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands/install.html

# 安装 fastqc 软件
conda  install  fastqc

# 调出帮助文档
fastqc --help

# 可以一次安装多个软件
conda install -y sra-tools  trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp

## 不是通过软件名来调用帮助文档，而是软件的命令
# sra-tools
prefetch --help
fastq-dump --help
which prefetch

#  trim-galore
trim_galore --help

# hisat2
hisat2 -h

# subread
featureCounts

# multiqc
multiqc --help

# samtools
samtools
which samtools

# salmon
salmon

# fastp
fastp --help

其他软件安装方式

1）二进制文件安装

前言

当然我们也可以不用conda来安装软件。

创建并进入文件夹

mkdir bowtie2 && cd bowtie2

版本

软件安装提供了各种版本，因此需要注意合适的版本选择。
002. Conda 使用及软件安装 - 图10

下载

可以使用wget 下载
首先进入安装目录下

mkdir xxx && cd xxx

接着安装，直接找到文件的下载地址通过wget下载即可。

wget 下载地址

通过ftp 上传文件到服务器

由于我通过wget 方式文件下载速度过于感人，我选择先将它下载至电脑上，再上传到服务器中。

通过ftp 连接

sftp root@your_sever_id

登陆完成后，通过put 上传

put local-file [remote-file]

通过FileZilla 连接远程服务器

FileZilla是一个FTP 连接服务器的软件，提供linux、mac、win 等各个平台
https://filezilla-project.org/
注意一般服务器只提供SFTP 的连接方式。
设定好服务器公网ID，连接，输入用户密码就可以登录了。
002. Conda 使用及软件安装 - 图11
你可以直接直接将本地服务器的内容拖拽进去。

解压与使用

https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.9/bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip
我是通过filezilla 下载了bowtie（一个短序列比对工具），并将它存放在了biosofts/bowtie2目录下。

先来解压

下载的文件是bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip，直接用unzip 就好。

unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip

查看文件文档

002. Conda 使用及软件安装 - 图12
可以看到，bowtie2 文件用绿色标记出来了，这表示它是一个可执行文件，因此我们可以通过输入绝对路径的方式调用它（没有添加环境），通过调用，我们可以看到bowtie2 的使用说明。

/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2 # 我的路径
# 如果不把bowtie2 文件添加到PATH中，则需要通过相对路径或绝对路径调用软件

阅读帮助文件，发现有许许多多的参数。

使用文件

添加到PATH

PATH=$PATH:/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/

查看范例文件

一般来说文件里会附带一个example，可以作为练习。
002. Conda 使用及软件安装 - 图13

果不其然 002. Conda 使用及软件安装 - 图14

可以查看一些文件的大小等信息
002. Conda 使用及软件安装 - 图15

其中可以先查看其中一个reads 文件。

$less reads/reads_1.fq

通过less 可以上下滚动阅读文本。

我截取其中一个序列。至于如何解读fastq 文件，你可以参考我的笔记，
https://www.yuque.com/mugpeng/nwmnq7/ug9fg8#36bd89cf

@r1
CCAGCCGGACTTCAGGCCTGCCATCCAGTTCCCGCGAAGCTGGTCTTCAGCCGCCCAGGTCTTTTTCTGCTCTGACACGACGTTATTCAGCGCCAGCGGATTATCGCCATACTGTTCCTTCAGGCGCTGTTCCGTGGCTTCCCGTTCTGCCTGCCGGTCAGTCAGCCCCCGGCTTTTCGCATCAATGGCGGCCC
+
7%&%E,3@->*/4>0):4)17/4A=H<3!72"$97HDB(*66B(,&$+41&A,8+=,7/216,C=2#B6!>)"?&D44/6+@))30A91BA&=@(%0&-E.1-=959!B,",,#FA94,7.B+-)2@5H;6E**#EA&;"3F920A>1:<:8F-1.<A4.-/HE$02%1>;0HA6.*@(=37<:.E93+;52+8

bowtie 的使用规范

首先可以看看版本和帮助界面。

bowtie2 --help ## 帮助文件，且我已经设定了bowtie 的alias。
bowtie2 --version ## 查看版本。

bowtie2 是一个用于短序列比对的工具。
http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

Usage: 
  bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>]

  <bt2-idx>  Index filename prefix (minus trailing .X.bt2).
             NOTE: Bowtie 1 and Bowtie 2 indexes are not compatible.
  <m1>       Files with #1 mates, paired with files in <m2>.
             Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2).
  <m2>       Files with #2 mates, paired with files in <m1>.
             Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2).
  <r>        Files with unpaired reads.
             Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2).
  <sam>      File for SAM output (default: stdout)

  <m1>, <m2>, <r> can be comma-separated lists (no whitespace) and can be
  specified many times.  E.g. '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

Options (defaults in parentheses):

 Input:
  -q                 query input files are FASTQ .fq/.fastq (default)
  --qseq             query input files are in Illumina's qseq format
  -f                 query input files are (multi-)FASTA .fa/.mfa
  -r                 query input files are raw one-sequence-per-line
  -c                 <m1>, <m2>, <r> are sequences themselves, not files
  -s/--skip <int>    skip the first <int> reads/pairs in the input (none)
  -u/--upto <int>    stop after first <int> reads/pairs (no limit)
  -5/--trim5 <int>   trim <int> bases from 5'/left end of reads (0)
  -3/--trim3 <int>   trim <int> bases from 3'/right end of reads (0)
  --phred33          qualities are Phred+33 (default)
  --phred64          qualities are Phred+64
  --int-quals        qualities encoded as space-delimited integers

002. Conda 使用及软件安装 - 图16

使用bowtie2构建索引

$bowtie2-build reference/lambda_virus.fa temp

002. Conda 使用及软件安装 - 图17

我们可以通过md5sum 比较一下生成的index 和默认的index 的文件差距。
md5sum 是一套linux 下的算法，可以被用来验证网络文件传输的完整性，防止被他们篡改。MD5 全称是报文摘要算法（Message-Digest Algorithm 5）。

$md5sum index/lambda_virus.1.bt2 
9c033d93b13e5106347b4d39ccf33af8  index/lambda_virus.1.bt2

$md5sum temp.1.bt2 
9160769174cc604412693aff33b76f88  temp.1.bt2

其实二者还是有区别的。

进行序列比对

完成索引的构建后，便可以按照usage 的方式进行序列比对。

$bowtie2 -x temp -1 reads/reads_1.fq -2 reads/reads_2.fq -S temp.sam

查看比对结果

less -S temp.sam

002. Conda 使用及软件安装 - 图18
ps: 我也不懂各个参数的意义，留给未来吧！

2）源代码安装

下载并解压

编译三部曲

构建—编译—安装

后续

后面的操作就和二进制文件一样了，将文件添加到PATH，就可以直接调用它了。

3）java 编译软件

下载并解压

使用

其他安装方法

apt-get

sudo apt-get install w3m

w3m 是一个简易网页浏览器。

w3m https://www.lanqiao.cn/faq

apt 包介绍

APT 是 Advance Packaging Tool（高级包装工具）的缩写，是 Debian 及其派生发行版的软件包管理器，APT 可以自动下载，配置，安装二进制或者源代码格式的软件包，因此简化了 Unix 系统上管理软件的过程。APT 最早被设计成 dpkg 的前端，用来处理 deb 格式的软件包。现在经过 APT-RPM 组织修改，APT 已经可以安装在支持 RPM 的系统管理 RPM 包。这个包管理器包含以 apt- 开头的多个工具，如 apt-get apt-cache apt-cdrom 等，在 Debian 系列的发行版中使用。

常用工具

工具	说明
`install`	其后加上软件包名，用于安装一个软件包
`update`	从软件源镜像服务器上下载/更新用于更新本地软件源的软件包列表
`upgrade`	升级本地可更新的全部软件包，但存在依赖问题时将不会升级，通常会在更新之前执行一次`update`
`dist-upgrade`	解决依赖关系并升级(存在一定危险性)
`remove`	移除已安装的软件包，包括与被移除软件包有依赖关系的软件包，但不包含软件包的配置文件
`autoremove`	移除之前被其他软件包依赖，但现在不再被使用的软件包
`purge`	与 remove 相同，但会完全移除软件包，包含其配置文件
`clean`	移除下载到本地的已经安装的软件包，默认保存在/var/cache/apt/archives/
`autoclean`	移除已安装的软件的旧版本软件包

常用参数

参数	说明
`-y`	自动回应是否安装软件包的选项，在一些自动化安装脚本中使用这个参数将十分有用
`-s`	模拟安装
`-q`	静默安装方式，指定多个`q`或者`-q=#`,#表示数字，用于设定静默级别，这在你不想要在安装软件包时屏幕输出过多时很有用
`-f`	修复损坏的依赖关系
`-d`	只下载不安装
`--reinstall`	重新安装已经安装但可能存在问题的软件包
`--install-suggests`	同时安装 APT 给出的建议安装的软件包

安装与升级与卸载

sudo apt-get --reinstall install w3m ，需要使用参数。

# 更新软件源
sudo apt-get update

# 升级没有依赖问题的软件包
sudo apt-get upgrade

# 升级并解决依赖关系
sudo apt-get dist-upgrade

sudo apt-get remove w3m

# 不保留配置文件的移除
$ sudo apt-get purge w3m
# 或者 sudo apt-get --purge remove
# 移除不再需要的被依赖的软件包
$ sudo apt-get autoremove

# 在本地查找是否存在某个软件
sudo apt-cache search softname1 softname2 softname3……

dpkg

dpkg 可以从本地磁盘安装 deb 软件包。

dpkg 本身是一个底层的工具。上层的工具，像是 APT，被用于从远程获取软件包以及处理复杂的软件包关系。”dpkg”是”Debian Package”的简写。

我们经常可以在网络上见到以deb形式打包的软件包，就需要使用dpkg命令来安装。

常用参数

安装相关内容

可以使用-d 选项，使apt 下载但不安装。

sudo apt-get update
sudo apt-get -d install -y emacs

emacs 是非常有名的代码编辑器。

接着便可以通过dpkg 安装deb 包。

sudo dpkg -i emacs24_24.5+1-6ubuntu1.1_amd64.deb

由于dpkg 命令不会帮助我们解决依赖包的问题，所以有时安装会出错，因此需要apt 帮助我们下载相关的依赖包。

sudo apt-get -f install -y

如果想知道下载的软件包安装在了什么位置，可以通过dpkg 查询：

sudo dpkg -L emacs24